More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0021 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  92.65 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0045  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0651  tRNA-Asp  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.672568  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0019  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  6.4765400000000006e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0514  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.30376  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0020  tRNA-OTHER  97.44 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0511  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.304577  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>