299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0046 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02887  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna39  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3492  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140765  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2806  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0247  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.232166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2482  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-4  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000234173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0049  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0016  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000350456  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1372  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173514  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0019  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000139043  normal  0.566857 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2471  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2621  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000284605  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2623  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000119328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3358  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0487179  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2313  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118366  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3214  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000106519  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0037  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749982  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2455  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2324  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2713  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000225937  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1987  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000448735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1989  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700104  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2128  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.295642  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2536  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0232654  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0023  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.407669  normal  0.337177 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2538  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00838842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2099  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000679661  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2484  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000127815  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0030  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000504867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1221  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0094  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000513172  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0098  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000169321  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0101  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1946  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0030  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372782  normal  0.435881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0034  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000139644  normal  0.214126 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0032  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000015276  normal  0.216966 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0056  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172836  normal  0.350992 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0052  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050358  normal  0.257464 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0049  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.203768  normal  0.0133799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0046  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000184395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0056  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176781  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0056  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0019  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460916  hitchhiker  0.000581212 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0047  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0050  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744732  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0054  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000254404  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2351  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538678  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0026  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0397308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0014  tRNA-Asp  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>