299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0041 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0026  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326612  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0024  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000026907  hitchhiker  0.00767496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0082  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000108643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0028  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000018032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0005  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.128453  unclonable  0.0000112956 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna40  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0094  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0162  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.56493 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0060  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580753  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.132491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0016  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0083  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000419566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0028  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0004  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.712007  hitchhiker  0.000000679169 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>