More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0016 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  95.95 
 
 
77 bp  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  94.59 
 
 
77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  98.36 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0651  tRNA-Asp  93.24 
 
 
77 bp  107  4e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.672568  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  103  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  91.89 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  95.08 
 
 
79 bp  97.6  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  92.65 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  93.65 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  92.54 
 
 
77 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2258  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0012215  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0026  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000221306  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0039  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000226797  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0045  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115238  normal  0.0333455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0048  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000361323  normal  0.0154574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0063  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748951  normal  0.206184 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0022  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000352228  hitchhiker  0.00000353756 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0021  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000252162  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0030  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00239727  normal  0.0594729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000248152  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0041  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000325058  normal  0.507644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsp01  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0846987  normal  0.356789 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0016  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0290112  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0044  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0294288  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>