More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Asp-2 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.616932  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.238637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0029  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000411278  normal  0.024303 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000438014  normal  0.0251271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0023  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000368912  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0021  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000540694  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0003  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000762026 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  94.12 
 
 
74 bp  103  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0041  tRNA-Asp  93.06 
 
 
77 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000931671  normal  0.0847681 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0004  tRNA-Asp  94.92 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0004  tRNA-Asp  94.92 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0072  tRNA-Asp  90.28 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217203  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0046  tRNA-Asp  90.28 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0071  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.146607  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0002  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0004  tRNA-Asp  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0003  tRNA-Asp  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0045  tRNA-Asp  94.44 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  89.71 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  91.67 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  94.12 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  92.59 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0048  tRNA-Asp  89.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  90.16 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  90.16 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0019  tRNA-Asp  92.31 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  6.4765400000000006e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0651  tRNA-Asp  88.24 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.672568  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  92.31 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0045  tRNA-Ser  97.5 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0061  tRNA-Asp  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0064  tRNA-Asp  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.360128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0069  tRNA-Asp  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.197557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>