More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0031 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0063  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000164235  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0029  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000643292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0068  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000338378  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0062  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.697015  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  98.08 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  98.08 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00473  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0083  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000419566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01014  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0026  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0039  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000226797  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.132491 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.56493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0082  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000108643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0162  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0028  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0094  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00373  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00246  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0060  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580753  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0027  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000248152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0041  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000325058  normal  0.507644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03609  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0022  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000352228  hitchhiker  0.00000353756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0029  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0847414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0027  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00239727  normal  0.0594729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0004  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.712007  hitchhiker  0.000000679169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>