More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0311 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
123 aa  226  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  79.84 
 
 
124 aa  152  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  74.02 
 
 
127 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  65.04 
 
 
121 aa  142  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  64.23 
 
 
121 aa  140  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  67.46 
 
 
126 aa  137  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 
125 aa  137  6e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  73.39 
 
 
124 aa  136  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
122 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
128 aa  135  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
122 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
124 aa  133  7.000000000000001e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0041  50S ribosomal protein L7/L12  72 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0709556  hitchhiker  0.00000000000056539 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3190  50S ribosomal protein L7/L12  75 
 
 
124 aa  131  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  60.98 
 
 
121 aa  131  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
125 aa  131  3e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
124 aa  130  6e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 
125 aa  130  6.999999999999999e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 
122 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
125 aa  128  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0508  50S ribosomal protein L7/L12  67.2 
 
 
125 aa  127  7.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000524403  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0527  50S ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 
125 aa  126  9.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.359343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0045  50S ribosomal protein L7/L12  72.58 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000441674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  62.9 
 
 
124 aa  125  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3315  50S ribosomal protein L7/L12  75 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.801397  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1457  50S ribosomal protein L7/L12  66.4 
 
 
125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000553031  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  65.62 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2968  50S ribosomal protein L7/L12  75 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  65.62 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
126 aa  125  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
126 aa  125  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  65.08 
 
 
128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3593  50S ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
123 aa  124  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100169  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  64.23 
 
 
128 aa  124  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3868  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
124 aa  123  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  67.52 
 
 
123 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  65.83 
 
 
126 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
125 aa  122  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  65 
 
 
126 aa  122  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2263  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
124 aa  122  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  62.81 
 
 
122 aa  122  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
123 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  66.1 
 
 
124 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  63.03 
 
 
123 aa  122  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4532  50S ribosomal protein L7/L12  63.49 
 
 
126 aa  121  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  64.71 
 
 
124 aa  121  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  66.1 
 
 
124 aa  121  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0258  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0109491  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  68.07 
 
 
124 aa  121  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 
125 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0267  50S ribosomal protein L7/L12  78.23 
 
 
124 aa  121  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.753095  normal  0.597405 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3035  50S ribosomal subunit protein L7/L12  73.39 
 
 
124 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  60.94 
 
 
128 aa  120  5e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3247  50S ribosomal protein L7/L12  63.49 
 
 
126 aa  120  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0186  50S ribosomal protein L7/L12  65.04 
 
 
123 aa  120  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00287299  normal  0.0109864 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0191  50S ribosomal protein L7/L12  65.04 
 
 
123 aa  120  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000969343  hitchhiker  0.000734412 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  67.8 
 
 
124 aa  120  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0181  50S ribosomal protein L7/L12  59.17 
 
 
122 aa  120  8e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.563708  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0094  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
119 aa  120  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
125 aa  120  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1888  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
123 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229099  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0356  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
124 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0227516  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  61.98 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  62.5 
 
 
126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3898  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 
123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0287  ribosomal protein L7/L12  68.29 
 
 
123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0365313  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2178  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
123 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.900268  normal  0.0233119 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3077  50S ribosomal protein L7/L12  76.61 
 
 
124 aa  118  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 
122 aa  118  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0095  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
119 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000523808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 
121 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  64.1 
 
 
123 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 
123 aa  117  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002172  LSU ribosomal protein L7/L12 (L23e)  65.04 
 
 
122 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000104246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  62.9 
 
 
124 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3840  50S ribosomal protein L7/L12  64.71 
 
 
125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00160785  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4064  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 
121 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112087  hitchhiker  0.00864262 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4474  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000613838  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  62.18 
 
 
125 aa  117  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2849  50S ribosomal protein L7/L12  76 
 
 
125 aa  117  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
121 aa  117  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>