222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0011 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  96.72 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  96.72 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  96.72 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  96.72 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  96.72 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  95.08 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  97.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  97.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88.06 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>