24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9645 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9645  hypothetical protein  100 
 
 		 163 aa  333  7e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.085349  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4548  helix-turn-helix domain-containing protein  52.45 
 
 		 181 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9804  helix turn helix transcriptional regulator  47.59 
 
 		 160 aa  140  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6378  XRE family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 165 aa  137  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4162  hypothetical protein  42.95 
 
 		 167 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0787626  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 154 aa  114  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4600  helix-turn-helix domain-containing protein  45.53 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9872  hypothetical protein  44.55 
 
 		 158 aa  97.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  33.93 
 
 		 105 aa  47.8  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 		 113 aa  47.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1279  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.51475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 284 aa  44.3  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  31.88 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  29.49 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  38.89 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 825 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  30.38 
 
 		 119 aa  42.4  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  0.000000239728 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  25.84 
 
 		 114 aa  41.6  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 104 aa  41.6  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  30.43 
 
 		 104 aa  41.2  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0772  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 123 aa  41.2  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>