20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9872 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9872  hypothetical protein  100 
 
 		 158 aa  323  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4600  helix-turn-helix domain-containing protein  43.95 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4548  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 181 aa  110  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 154 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9645  hypothetical protein  44.55 
 
 		 163 aa  97.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.085349  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4162  hypothetical protein  35.07 
 
 		 167 aa  97.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0787626  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6378  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 165 aa  97.1  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9804  helix turn helix transcriptional regulator  42.2 
 
 		 160 aa  97.1  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1627  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0696983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 513 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  30.26 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  27.43 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  29.85 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  28.24 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  0.000000239728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  27.69 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 126 aa  40.8  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>