69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1500 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  100 
 
 		 166 aa  342  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  81.71 
 
 		 164 aa  278  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  75.3 
 
 		 165 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  74.1 
 
 		 166 aa  243  6e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  69.09 
 
 		 166 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  67.27 
 
 		 168 aa  241  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  69.7 
 
 		 166 aa  238  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1537  amino acid-binding ACT domain-containing protein  69.7 
 
 		 166 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2819  amino acid-binding ACT domain protein  69.7 
 
 		 166 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.198658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1565  amino acid-binding ACT domain-containing protein  69.7 
 
 		 166 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1532  amino acid-binding ACT domain-containing protein  69.7 
 
 		 166 aa  237  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0236669  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  68.48 
 
 		 166 aa  237  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  67.88 
 
 		 166 aa  236  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  67.88 
 
 		 166 aa  236  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  67.88 
 
 		 166 aa  236  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  67.88 
 
 		 168 aa  221  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  33.53 
 
 		 171 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  32.52 
 
 		 172 aa  97.1  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  33.13 
 
 		 171 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.72 
 
 		 172 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.15 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  33.13 
 
 		 180 aa  92  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  32.34 
 
 		 172 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  32.93 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.54 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  33.54 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  36.43 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.68 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  35.97 
 
 		 177 aa  87.8  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.37 
 
 		 172 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  31.58 
 
 		 165 aa  85.9  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.25 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  30.54 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  32.16 
 
 		 178 aa  79  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  29.81 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.94 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  24.54 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.93 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.57 
 
 		 175 aa  63.9  0.0000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  26.54 
 
 		 385 aa  62  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  26.24 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  26.09 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  27.95 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  22.7 
 
 		 167 aa  58.2  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  27.88 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  28.8 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.78 
 
 		 183 aa  52  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  28.15 
 
 		 170 aa  51.2  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.46 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  22.01 
 
 		 167 aa  48.1  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  26.67 
 
 		 170 aa  48.1  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  29 
 
 		 170 aa  47.4  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  22.22 
 
 		 177 aa  47.4  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.75 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.97 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  26.03 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  24.8 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  27.27 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.48 
 
 		 167 aa  45.8  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  25.32 
 
 		 186 aa  44.7  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.42 
 
 		 175 aa  44.3  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  25 
 
 		 167 aa  43.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  26.32 
 
 		 173 aa  42.4  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.03 
 
 		 185 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  25.97 
 
 		 191 aa  41.6  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 208 aa  41.6  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.81 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  25.62 
 
 		 165 aa  41.2  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3182  hypothetical protein  32.76 
 
 		 92 aa  41.2  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.382229  hitchhiker  0.00106731 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>