299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0031 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0077  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0030  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000403372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0077  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0001  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0030  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000352546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0001  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0190537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08680  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0063  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.276545  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0050  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0062  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161369  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0008  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.862218 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5706  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0193504  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-6  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0124821  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178514  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436983  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-5  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000919023  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-6  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.100771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>