138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0008 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0008  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.862218 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0011  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.406571 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1585  tRNA-Glu  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.158615  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0017  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0883282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t37  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628629  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0010  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0004  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0012  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  85.92 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0022  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000692994  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0044  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000772538  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0043  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000374465  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0021  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00263613  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0053  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0197989  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  85.92 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08470  tRNA-Glu  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.498792  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>