More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0056 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 73 bp  109  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0084  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0042  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000779226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0044  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000878437  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0038  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000438841  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0043  tRNA-Glu  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000374465  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0044  tRNA-Glu  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000772538  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>