31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4293 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0255  outer membrane porin  98.99 
 
 
406 aa  791  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4293  outer membrane porin  100 
 
 
398 aa  797  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0195017  normal  0.981008 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  58.48 
 
 
407 aa  484  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  27.12 
 
 
403 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.02534e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  26.46 
 
 
407 aa  110  6e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  4.58474e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  35.1 
 
 
402 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3627  outer membrane porin  25.4 
 
 
435 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  26.01 
 
 
384 aa  98.6  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  26.44 
 
 
451 aa  97.4  3e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  32.35 
 
 
432 aa  85.1  2e-15  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.34788e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  30.63 
 
 
450 aa  76.3  1e-12  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2207  metalloid reductase RarA  24.27 
 
 
458 aa  69.7  9e-11  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  23.8 
 
 
413 aa  69.3  1e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  22.62 
 
 
412 aa  67.8  3e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2087  outer membrane porin  25.32 
 
 
452 aa  65.9  1e-09  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  23.87 
 
 
413 aa  64.7  3e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  24.06 
 
 
442 aa  60.8  4e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  3.87662e-06  hitchhiker  1.48872e-08 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  24.06 
 
 
442 aa  60.8  4e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  22.46 
 
 
420 aa  58.5  2e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1763  hypothetical protein  24.72 
 
 
367 aa  57.4  4e-07  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  22.34 
 
 
447 aa  55.5  2e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  24.48 
 
 
280 aa  54.7  3e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.84732e-05  decreased coverage  6.57786e-06 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  23.99 
 
 
493 aa  52.4  1e-05  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  2.73485e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  22.67 
 
 
456 aa  47.4  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  22.44 
 
 
417 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  21.65 
 
 
412 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  22.97 
 
 
423 aa  44.3  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  23.05 
 
 
418 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  26.24 
 
 
441 aa  43.5  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  21.24 
 
 
417 aa  43.1  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1463  hypothetical protein  22.94 
 
 
435 aa  43.1  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>