91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1456 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  100 
 
 
450 aa  921    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  37.11 
 
 
456 aa  263  6.999999999999999e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  26.93 
 
 
420 aa  132  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  25.69 
 
 
412 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  26.88 
 
 
413 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  26.98 
 
 
413 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  28.81 
 
 
451 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1310  hypothetical protein  28.5 
 
 
450 aa  103  8e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00248833  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  35.23 
 
 
407 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  26.49 
 
 
428 aa  91.7  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  26.49 
 
 
428 aa  91.7  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  26.96 
 
 
432 aa  82  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000534788  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  25.43 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000502534  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  24.5 
 
 
442 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000387662  hitchhiker  0.0000000148872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  24.5 
 
 
442 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0255  outer membrane porin  30.46 
 
 
406 aa  77  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  33.33 
 
 
384 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4293  outer membrane porin  30.49 
 
 
398 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0195017  normal  0.981008 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  31.58 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3627  outer membrane porin  32.52 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  23.7 
 
 
447 aa  74.7  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2087  outer membrane porin  25.11 
 
 
452 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  28.12 
 
 
280 aa  71.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000284732  decreased coverage  0.00000657786 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  22.95 
 
 
417 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  32.07 
 
 
407 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000458474  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1763  hypothetical protein  36.52 
 
 
367 aa  65.5  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  24.47 
 
 
427 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2207  metalloid reductase RarA  25.58 
 
 
458 aa  63.5  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  23.7 
 
 
493 aa  63.2  0.000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000273485  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  25.55 
 
 
427 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1463  hypothetical protein  30.66 
 
 
435 aa  62  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  26.63 
 
 
421 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  26.63 
 
 
421 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  22.8 
 
 
426 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  23.35 
 
 
420 aa  58.9  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  23.33 
 
 
417 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2309  hypothetical protein  25.48 
 
 
424 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0988635  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1951  hypothetical protein  25.48 
 
 
424 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  25.68 
 
 
422 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  23.6 
 
 
433 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  22.7 
 
 
438 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  25 
 
 
417 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  23.09 
 
 
417 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  23.38 
 
 
418 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  22.96 
 
 
429 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  26.62 
 
 
425 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  22.63 
 
 
444 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  23.53 
 
 
444 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  23.53 
 
 
444 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  25.14 
 
 
423 aa  48.9  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  25.71 
 
 
412 aa  49.3  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1917  hypothetical protein  23.88 
 
 
423 aa  48.5  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.50266  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  29.5 
 
 
426 aa  48.5  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  22.55 
 
 
433 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  26.67 
 
 
468 aa  47  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  28.57 
 
 
414 aa  47  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  23.08 
 
 
444 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  27.12 
 
 
421 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  40.38 
 
 
429 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  28.95 
 
 
429 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  28.29 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  22.98 
 
 
429 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  28.95 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  26.98 
 
 
447 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  26.98 
 
 
447 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  26.55 
 
 
421 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  26.98 
 
 
447 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  26.98 
 
 
447 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  22.4 
 
 
431 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  23.61 
 
 
444 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0031  hypothetical protein  19.95 
 
 
408 aa  44.3  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  25.54 
 
 
459 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  36.54 
 
 
428 aa  44.3  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  22.65 
 
 
430 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  25.94 
 
 
424 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  31.17 
 
 
445 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  29.28 
 
 
422 aa  44.3  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  30.28 
 
 
440 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0114  hypothetical protein  27.14 
 
 
483 aa  44.3  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.853586  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  25.11 
 
 
459 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  24.28 
 
 
417 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  22.88 
 
 
430 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  21.52 
 
 
471 aa  43.5  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.92 
 
 
439 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  21.48 
 
 
433 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  26.85 
 
 
427 aa  43.5  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  33.82 
 
 
439 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  33.82 
 
 
439 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  24.92 
 
 
418 aa  43.5  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  23.33 
 
 
444 aa  43.1  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  31.51 
 
 
445 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>