192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3175 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  100 
 
 
420 aa  865    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  69.66 
 
 
412 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  71.84 
 
 
413 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  66.75 
 
 
413 aa  587  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  49.64 
 
 
417 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  26.93 
 
 
450 aa  132  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  23.21 
 
 
456 aa  94.7  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1463  hypothetical protein  25.46 
 
 
435 aa  94.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  23.66 
 
 
424 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  24.83 
 
 
416 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  23.76 
 
 
416 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  23.14 
 
 
432 aa  77.8  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000534788  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  25.83 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  26.85 
 
 
409 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  23.64 
 
 
423 aa  77  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  23.43 
 
 
416 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  27.24 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  23.43 
 
 
416 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  27.38 
 
 
479 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  28.06 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  25.34 
 
 
428 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  26.67 
 
 
409 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  24.77 
 
 
442 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  25.34 
 
 
428 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  24.62 
 
 
437 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  24.25 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  25.08 
 
 
439 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  25.89 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  24.75 
 
 
416 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  25.62 
 
 
444 aa  70.5  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  24.19 
 
 
417 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  23.02 
 
 
417 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  27.09 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  27.09 
 
 
412 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  25.34 
 
 
417 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  25.34 
 
 
417 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  24.64 
 
 
407 aa  67  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  26.76 
 
 
412 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  25.17 
 
 
416 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  24.31 
 
 
422 aa  65.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  25.5 
 
 
433 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  26.2 
 
 
445 aa  64.7  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  25.8 
 
 
421 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  26.37 
 
 
440 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  26.33 
 
 
415 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  25.73 
 
 
416 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  27.83 
 
 
454 aa  63.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  25.57 
 
 
412 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  26.4 
 
 
421 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  28 
 
 
444 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  24.09 
 
 
451 aa  62.8  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  25.17 
 
 
395 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  30 
 
 
280 aa  62.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000284732  decreased coverage  0.00000657786 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  30 
 
 
447 aa  62.8  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  25.96 
 
 
426 aa  62.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  24.09 
 
 
433 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  24.92 
 
 
422 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  23.38 
 
 
418 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  25.17 
 
 
419 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  23.38 
 
 
429 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  25.64 
 
 
429 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  23.38 
 
 
418 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  25.86 
 
 
428 aa  60.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  24.68 
 
 
422 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  23.12 
 
 
431 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  23.38 
 
 
429 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  23.66 
 
 
439 aa  59.7  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  25.55 
 
 
446 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  23.66 
 
 
443 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  23.34 
 
 
493 aa  58.9  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000273485  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  23.66 
 
 
441 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  21.63 
 
 
430 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4293  outer membrane porin  22.46 
 
 
398 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0195017  normal  0.981008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  23.88 
 
 
421 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  23.97 
 
 
439 aa  58.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0255  outer membrane porin  22.46 
 
 
406 aa  57.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  23.08 
 
 
429 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  34.88 
 
 
442 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000387662  hitchhiker  0.0000000148872 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  34.88 
 
 
442 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  23.38 
 
 
429 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  23.85 
 
 
447 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  25.41 
 
 
411 aa  57.4  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  25.6 
 
 
410 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  24.69 
 
 
452 aa  57.4  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  24.14 
 
 
402 aa  57  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  24.51 
 
 
433 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  23.08 
 
 
427 aa  57  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  25.25 
 
 
417 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  25.08 
 
 
408 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  24.29 
 
 
440 aa  57  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  22.48 
 
 
403 aa  56.6  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000502534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  24.26 
 
 
429 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  24.61 
 
 
433 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  27.5 
 
 
444 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  25.72 
 
 
427 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  24.4 
 
 
460 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  24.38 
 
 
443 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000630026  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  24.3 
 
 
442 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  24.41 
 
 
418 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  25.79 
 
 
457 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>