More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0012 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0012  50S ribosomal protein L34  100 
 
 
45 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.02932e-10  hitchhiker  0.000509962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  93.02 
 
 
44 aa  77  8e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  90.7 
 
 
44 aa  76.6  1e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  93.02 
 
 
44 aa  76.3  2e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 
45 aa  73.6  8e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.97783e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  86.05 
 
 
44 aa  73.2  1e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
46 aa  72.8  2e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  86.05 
 
 
46 aa  71.6  3e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 
46 aa  71.2  5e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 
46 aa  70.9  6e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  68.6  2e-11  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 
44 aa  68.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  3.90368e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  83.33 
 
 
44 aa  68.2  3e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.4236e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  83.33 
 
 
44 aa  68.2  3e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  7.27123e-06  unclonable  4.68434e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  1.11229e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.83755e-10  hitchhiker  5.52795e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  83.33 
 
 
44 aa  67.4  7e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
55 aa  67  8e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  67  9e-11  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  76.74 
 
 
44 aa  66.6  9e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 
44 aa  66.6  1e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.55667e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.417e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  80.95 
 
 
44 aa  65.9  2e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  65.5  3e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  8.49089e-06  hitchhiker  1.10171e-09 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  76.74 
 
 
44 aa  65.1  3e-10  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  64.7  4e-10  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
52 aa  64.7  4e-10  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  1.48872e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0007  50S ribosomal protein L34  97.78 
 
 
45 aa  64.7  4e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  76.74 
 
 
52 aa  64.7  4e-10  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
52 aa  64.7  4e-10  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  80.95 
 
 
44 aa  64.3  5e-10  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0100  50S ribosomal protein L34  73.33 
 
 
53 aa  64.3  5e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  64.3  6e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.9  6e-10  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.9  6e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  64.3  6e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  63.9  6e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 
44 aa  64.3  6e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4383  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.03253e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4005  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.52105e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  63.9  8e-10  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4066  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.70066e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3943  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  6.82615e-10  unclonable  1.63779e-11 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4382  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.90105e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0005  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.07109e-09  unclonable  5.98342e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4035  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.76438e-06  unclonable  1.23729e-05 
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
50 aa  63.5  8e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4524  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.09572e-09  hitchhiker  0.00010277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3778  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.38281e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4328  50S ribosomal protein L34  95.56 
 
 
45 aa  63.5  8e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.82239e-11  unclonable  1.65538e-12 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  75.56 
 
 
45 aa  63.5  9e-10  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4260  50S ribosomal protein L34  93.33 
 
 
45 aa  62.8  1e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.24998e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
52 aa  63.2  1e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3869  50S ribosomal protein L34  93.33 
 
 
45 aa  62.8  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.85495e-08  unclonable  2.33405e-06 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  62.8  1e-09  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  73.33 
 
 
45 aa  62.4  2e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
52 aa  62.4  2e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  62.8  2e-09  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4932  50S ribosomal protein L34  93.33 
 
 
45 aa  62.4  2e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.56886e-09  unclonable  6.00905e-09 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  78.05 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  62  3e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  62  3e-09  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  62  3e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  76.19 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  76.74 
 
 
44 aa  62  3e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  62  3e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  61.2  4e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1055  ribosomal protein L34  72.09 
 
 
51 aa  61.2  4e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15136  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  72.09 
 
 
53 aa  61.6  4e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3852  ribosomal protein L34  69.77 
 
 
52 aa  61.2  5e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.699914 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  61.2  5e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  60.8  5e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
53 aa  60.8  6e-09  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  69.77 
 
 
44 aa  60.5  7e-09  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  60.5  7e-09  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2065  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  2.17746e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0301  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27040  LSU ribosomal protein L34P  68.89 
 
 
45 aa  60.5  8e-09  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 
49 aa  60.5  9e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03485  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 
46 aa  59.7  1e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
51 aa  59.7  1e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 
49 aa  59.7  1e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2226  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 
46 aa  59.7  1e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248276  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2316  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 
46 aa  59.7  1e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.464371  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4138  ribosomal protein L34  64.44 
 
 
45 aa  59.7  1e-08  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00368218  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 
53 aa  59.7  1e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.89497e-09  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0575  50S ribosomal protein L34P  74.42 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  67.44 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>