More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0313 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  100 
 
 		 44 aa  85.5  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  97.73 
 
 		 44 aa  84.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  95.35 
 
 		 45 aa  80.5  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 		 44 aa  75.5  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 45 aa  75.1  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  72.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3614  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  70.5  0.000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  70.1  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  77.27 
 
 		 44 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  68.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0575  50S ribosomal protein L34P  79.55 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  67.4  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 46 aa  66.6  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0301  ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  66.6  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0201  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0578075  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0856  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  74.42 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  78.57 
 
 		 45 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0583  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.0000248165  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0440  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.046605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  72.09 
 
 		 44 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 		 46 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 53 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189497  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  72.09 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 51 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0551  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1041  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00984353  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2924  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 53 aa  60.8  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000916972  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0820  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0984  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0751945  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  73.81 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2243  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.914999  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 53 aa  60.8  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2577  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.1  0.000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.1  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3101  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038228 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3400  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812666  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 53 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6523  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2238  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2552  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0104  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0649  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.485643  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3989  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3218  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3102  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0409092 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3166  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.667322  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2847  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.565052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3553  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 49 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1793  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000343039  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1787  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  58.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000418324  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3463  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00766604  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3705  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  65.91 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0553  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0638  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 44 aa  57.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.257462  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2935  ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000367166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 		 44 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>