123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0005 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0023  tRNA-Gly  98.15 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185917  normal  0.670849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  91.49 
 
 		 141 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1192  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0178452  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 71 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0018  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.756582 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t17  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.610036  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0016  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>