136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0069 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0031  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.269202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  100 
 
 		 141 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t17  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.610036  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0006  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000216667  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000537425  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0013  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000562793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0015  tRNA-Gly  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000956602  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0053  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000611222  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t005  tRNA-Gly  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000675609  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0040  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0056  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268197  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>