More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0036 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  107  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  4.27256e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.20516e-09  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.47527e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  92.42 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.00399e-07  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.71008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  91.78 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.00461e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  92.19 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.75321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  91.04 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  97.87 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.50994e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  96 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  90.62 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  91.04 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.73 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  89.55 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  89.55 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  88.73 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  2.45079e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  89.39 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.84 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  91.94 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.81838e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  91.38 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.52331e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  91.38 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.38631e-09 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  89.19 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  89.19 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.84 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.71368e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  90.32 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  89.39 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.51392e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.77 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  91.23 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  3.97698e-05  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  93.88 
 
 
80 bp  73.8  5e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  93.88 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.91538e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  6.4682e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  89.06 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.83529e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  88.06 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  89.83 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.13688e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  90.91 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  93.62 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  90.91 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  89.83 
 
 
79 bp  69.9  8e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  95.35 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  93.62 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  88.06 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  3.59807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  87.88 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  94 
 
 
78 bp  67.9  3e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  86.49 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>