74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3853 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3853  hypothetical protein  100 
 
 		 220 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.395736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1262  hypothetical protein  99.09 
 
 		 220 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0296387 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0931  hypothetical protein  88.18 
 
 		 220 aa  360  9e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.229661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2476  hypothetical protein  75.34 
 
 		 220 aa  324  6e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.815072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0168  putative hydrogenase-4 component E  79.53 
 
 		 226 aa  313  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1398  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  71.76 
 
 		 229 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6067  hypothetical protein  40.65 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0736972  hitchhiker  0.000527865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3290  hydrogenase 4 membrane component  40.69 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.540565  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0918  hydrogenase 4 membrane component  41.21 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.911214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1263  hypothetical protein  40.19 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.14188  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0109  hydrogenase 4 membrane component  40.19 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1530  putative hydrogenase, membrane subunit  40.19 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1615  putative hydrogenase, membrane subunit  40.19 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0327  hypothetical protein  39.63 
 
 		 219 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0177  hypothetical protein  39.72 
 
 		 219 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4669  hydrogenase 4 subunit E  41.71 
 
 		 219 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.253819  normal  0.171348 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1140  hydrogenase subunit  40.89 
 
 		 225 aa  148  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2151  hydrogenase-4, E subunit  40.21 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1809  hydrogenase 4 membrane component  40.21 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1689  hydrogenase, membrane subunit 2-like protein  30.39 
 
 		 220 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.674662  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0701  hydrogenase 4 membrane component (E)  28.27 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.202504  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2462  hydrogenase 4 membrane component (E)  33 
 
 		 222 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0793  hypothetical protein  34.67 
 
 		 214 aa  95.1  7e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1305  hydrogenase 4 membrane component (E)  29.26 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2556  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.3 
 
 		 213 aa  92.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3798  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.34 
 
 		 215 aa  84.7  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.173142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0741  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.55 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3715  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.34 
 
 		 215 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0518094  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0338  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.37 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2599  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.17 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3783  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.24 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0555648  normal  0.797729 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0373  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.58 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0256597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3657  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.71 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0452808  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3215  hypothetical protein  33.56 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3432  NADH dehydrogenase (quinone)  33.56 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.326498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3190  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.45 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.211977  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2620  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.56 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.195312  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1071  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.45 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  9.47177e-35 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2458  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.07 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.124831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0890  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  30.05 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.973916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4286  hypothetical protein  31.21 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00379585  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10086  hydrogenase hycP  31.55 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000096186  normal  0.18173 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2189  hydrogenase 4 membrane subunit  26.27 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0730  hydrogenase subunit  30.12 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0129986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4572  hydrogenase 4 membrane subunit  28.18 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1125  hydrogenase-4 component E  31.29 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.457842  normal  0.790146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1792  hydrogenase 4 membrane component (E)  27.53 
 
 		 226 aa  61.6  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.244901  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4705  hypothetical protein  28.86 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1282  hydrogenase 4 membrane subunit  27.62 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0776  NAD-dependent dehydrogenase subunit  31.79 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.448642  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1573  hydrogenase subunit, putative  27.78 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1319  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  29.01 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2987  hypothetical protein  29.06 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0295877  hitchhiker  0.00167925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2711  hydrogenase 4 membrane subunit  26.67 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1451  hydrogenase subunit  26.51 
 
 		 226 aa  52.4  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0186  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  29.75 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4467  putative hydrogenase HycP  33.79 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1039  hydrogenase 4 membrane subunit  24.7 
 
 		 220 aa  51.6  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000344071  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00970  hydrogenase 4 membrane subunit  35.63 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1912  hydrogenase 4 membrane subunit  24.7 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199181  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0319  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  26.29 
 
 		 221 aa  49.7  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.500767  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02377  hydrogenase 4, membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1184  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02339  hypothetical protein  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3707  hydrogenase 4 membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2857  hydrogenase 4 membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1191  hydrogenase 4 membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2767  hydrogenase 4 membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2619  hydrogenase 4 membrane subunit  35.48 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1864  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  26.54 
 
 		 215 aa  48.5  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.31142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2632  hydrogenase 4 membrane subunit  34.41 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0941  hypothetical protein  24.03 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.353676  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1820  hypothetical protein  26.4 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000203651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0129  hydrogenase 4 membrane subunit  25 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0545856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>