74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2476 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2476  hypothetical protein  100 
 
 
220 aa  427  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.815072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0168  putative hydrogenase-4 component E  81.11 
 
 
226 aa  335  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3853  hypothetical protein  75.34 
 
 
220 aa  324  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.395736  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1262  hypothetical protein  75.34 
 
 
220 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0296387 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0931  hypothetical protein  78.54 
 
 
220 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.229661  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1398  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  72.43 
 
 
229 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6067  hypothetical protein  42.01 
 
 
219 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0736972  hitchhiker  0.000527865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3290  hydrogenase 4 membrane component  40.64 
 
 
219 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.540565  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4669  hydrogenase 4 subunit E  41.9 
 
 
219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.253819  normal  0.171348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0918  hydrogenase 4 membrane component  39.73 
 
 
219 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.911214 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0177  hypothetical protein  40.64 
 
 
219 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0109  hydrogenase 4 membrane component  40.18 
 
 
219 aa  158  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1263  hypothetical protein  40.18 
 
 
219 aa  158  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.14188  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1615  putative hydrogenase, membrane subunit  39.73 
 
 
219 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1530  putative hydrogenase, membrane subunit  39.73 
 
 
219 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0327  hypothetical protein  39.27 
 
 
219 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704563  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1140  hydrogenase subunit  42.65 
 
 
225 aa  149  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2151  hydrogenase-4, E subunit  43.3 
 
 
225 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1809  hydrogenase 4 membrane component  43.3 
 
 
225 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2462  hydrogenase 4 membrane component (E)  33.18 
 
 
222 aa  109  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1689  hydrogenase, membrane subunit 2-like protein  31.55 
 
 
220 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.674662  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0701  hydrogenase 4 membrane component (E)  29.38 
 
 
215 aa  106  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.202504  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0793  hypothetical protein  32.29 
 
 
214 aa  98.2  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1305  hydrogenase 4 membrane component (E)  27.08 
 
 
222 aa  89.7  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3798  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.98 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.173142  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3715  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.98 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0518094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0373  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.58 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0256597  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2556  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.77 
 
 
213 aa  79  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3657  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.98 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0452808  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0741  NAD-dependent dehydrogenase subunit  30.05 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2458  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.17 
 
 
213 aa  75.1  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.124831  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4286  hypothetical protein  34.81 
 
 
218 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00379585  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0338  NAD-dependent dehydrogenase subunit  32.28 
 
 
213 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3432  NADH dehydrogenase (quinone)  32.34 
 
 
193 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.326498  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3215  hypothetical protein  32.34 
 
 
193 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3783  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.76 
 
 
215 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0555648  normal  0.797729 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2599  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.19 
 
 
213 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2189  hydrogenase 4 membrane subunit  29.9 
 
 
216 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0730  hydrogenase subunit  28.97 
 
 
224 aa  69.3  0.00000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0129986  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10086  hydrogenase hycP  32.46 
 
 
220 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000096186  normal  0.18173 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1792  hydrogenase 4 membrane component (E)  30.46 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.244901  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4572  hydrogenase 4 membrane subunit  27.85 
 
 
217 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2620  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.25 
 
 
214 aa  68.2  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.195312  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0890  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  29.95 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.973916  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1071  NAD-dependent dehydrogenase subunit  29.52 
 
 
213 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  9.47177e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3190  NAD-dependent dehydrogenase subunit  29.05 
 
 
213 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.211977  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1282  hydrogenase 4 membrane subunit  28.64 
 
 
216 aa  62  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.077695  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1125  hydrogenase-4 component E  28.3 
 
 
230 aa  61.6  0.000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.457842  normal  0.790146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4705  hypothetical protein  29.33 
 
 
218 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2987  hypothetical protein  32.88 
 
 
220 aa  58.9  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0295877  hitchhiker  0.00167925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2711  hydrogenase 4 membrane subunit  28.97 
 
 
216 aa  58.5  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1820  hypothetical protein  27.18 
 
 
230 aa  55.8  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000203651  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00970  hydrogenase 4 membrane subunit  25 
 
 
217 aa  55.5  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1912  hydrogenase 4 membrane subunit  26.47 
 
 
214 aa  55.1  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199181  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1319  hydrogenase 4 membrane component (E)-like protein  28.4 
 
 
226 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0776  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.34 
 
 
207 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.448642  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1039  hydrogenase 4 membrane subunit  25.79 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000344071  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1573  hydrogenase subunit, putative  27.16 
 
 
226 aa  53.5  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2632  hydrogenase 4 membrane subunit  29.52 
 
 
216 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0129  hydrogenase 4 membrane subunit  27.49 
 
 
211 aa  52.4  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0545856  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1451  hydrogenase subunit  27.16 
 
 
226 aa  52.4  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1184  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02377  hydrogenase 4, membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02339  hypothetical protein  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2857  hydrogenase 4 membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  52  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1191  hydrogenase 4 membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2767  hydrogenase 4 membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2619  hydrogenase 4 membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0186  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 4L  32.5 
 
 
212 aa  50.8  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4467  putative hydrogenase HycP  35.53 
 
 
220 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3707  hydrogenase 4 membrane subunit  28.64 
 
 
216 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0941  hypothetical protein  22.51 
 
 
210 aa  50.1  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.353676  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1864  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L  25.3 
 
 
215 aa  50.1  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.31142  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1995  conserved hypothetical protein  23.66 
 
 
213 aa  42.7  0.004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.829776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>