46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0036 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0036  hypothetical protein  100 
 
 
209 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0708  hypothetical protein  70.19 
 
 
192 aa  285  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0094  hypothetical protein  69.08 
 
 
199 aa  281  4e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156875  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0402  hypothetical protein  68.12 
 
 
191 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0924782  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0242  hypothetical protein  82.78 
 
 
186 aa  268  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3627  hypothetical protein  75 
 
 
182 aa  262  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.2314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2807  hypothetical protein  71.79 
 
 
182 aa  254  9e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.909719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1227  hypothetical protein  42.02 
 
 
227 aa  146  2e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0152651 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0405  hypothetical protein  43.33 
 
 
178 aa  141  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.188703  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3484  hypothetical protein  42.47 
 
 
227 aa  134  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4557  hypothetical protein  32.64 
 
 
206 aa  115  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38864  decreased coverage  0.00129383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4489  hypothetical protein  33.33 
 
 
203 aa  114  1e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0080  hypothetical protein  38.36 
 
 
167 aa  105  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44123  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3345  hypothetical protein  36.36 
 
 
175 aa  104  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0077  hypothetical protein  37.67 
 
 
204 aa  104  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.792313  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4170  hypothetical protein  34.93 
 
 
169 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107472  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5961  hypothetical protein  33.78 
 
 
164 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.796791  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1381  hypothetical protein  30.72 
 
 
190 aa  98.2  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0091  hypothetical protein  33.56 
 
 
167 aa  97.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3373  hypothetical protein  34.67 
 
 
173 aa  95.9  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299059  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4507  hypothetical protein  32.2 
 
 
241 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3069  putative signal peptide protein  32.45 
 
 
167 aa  95.1  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5420  putative signal peptide protein  36.3 
 
 
162 aa  94.7  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0854015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4048  hypothetical protein  32.45 
 
 
169 aa  94.7  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3725  hypothetical protein  32.19 
 
 
169 aa  92.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1364  hypothetical protein  33.56 
 
 
169 aa  88.6  7e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.743667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3314  hypothetical protein  32.39 
 
 
177 aa  84  1e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.467918  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3614  hypothetical protein  31.37 
 
 
227 aa  82  5e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3291  hypothetical protein  31.37 
 
 
227 aa  82  6e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.531023  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3491  hypothetical protein  30.32 
 
 
225 aa  79  5e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.135183 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2504  hypothetical protein  29.33 
 
 
175 aa  78.2  8e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.941504  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1697  putative signal peptide protein  30 
 
 
165 aa  77  2e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0267  hypothetical protein  26.43 
 
 
175 aa  73.2  2e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1101  hypothetical protein  29.05 
 
 
167 aa  73.2  3e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0768247  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0027  hypothetical protein  27.21 
 
 
178 aa  71.6  7e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1383  hypothetical protein  26.92 
 
 
176 aa  71.6  8e-12  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0051  hypothetical protein  26.92 
 
 
176 aa  71.6  8e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0042  hypothetical protein  28.57 
 
 
176 aa  71.6  8e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0268  hypothetical protein  30.14 
 
 
168 aa  71.2  1e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3015  hypothetical protein  25.58 
 
 
182 aa  65.5  6e-10  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0707  hypothetical protein  28.47 
 
 
166 aa  55.5  5e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.19385  normal  0.736244 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2793  hypothetical protein  25 
 
 
162 aa  51.2  1e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.577158 
 
 
-
 
NC_002978  WD1065  hypothetical protein  24 
 
 
165 aa  47.4  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0282386  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1438  hypothetical protein  29.23 
 
 
165 aa  45.1  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2699  hypothetical protein  28.67 
 
 
312 aa  42.4  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0638  hypothetical protein  21.05 
 
 
192 aa  42  0.006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>