46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0402 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0402  hypothetical protein  100 
 
 
191 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0924782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0094  hypothetical protein  76.17 
 
 
199 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156875  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0708  hypothetical protein  76.96 
 
 
192 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0036  hypothetical protein  65.7 
 
 
209 aa  275  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3627  hypothetical protein  69.31 
 
 
182 aa  266  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.2314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2807  hypothetical protein  74.51 
 
 
182 aa  258  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.909719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0242  hypothetical protein  78.52 
 
 
186 aa  257  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0405  hypothetical protein  45.83 
 
 
178 aa  144  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.188703  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1227  hypothetical protein  43.59 
 
 
227 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0152651 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3484  hypothetical protein  44.22 
 
 
227 aa  143  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4489  hypothetical protein  32.79 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4170  hypothetical protein  36.49 
 
 
169 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107472  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0080  hypothetical protein  37.93 
 
 
167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44123  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0077  hypothetical protein  37.24 
 
 
204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.792313  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4557  hypothetical protein  31.52 
 
 
206 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38864  decreased coverage  0.00129383 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0091  hypothetical protein  35.17 
 
 
167 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3069  putative signal peptide protein  36.55 
 
 
167 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3345  hypothetical protein  35.42 
 
 
175 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3373  hypothetical protein  36.11 
 
 
173 aa  106  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299059  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1381  hypothetical protein  31.25 
 
 
190 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5961  hypothetical protein  28.49 
 
 
164 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.796791  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4048  hypothetical protein  34.04 
 
 
169 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3725  hypothetical protein  33.79 
 
 
169 aa  99.4  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4507  hypothetical protein  31.4 
 
 
241 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5420  putative signal peptide protein  35.21 
 
 
162 aa  95.5  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0854015 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1364  hypothetical protein  35.86 
 
 
169 aa  94.7  6e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.743667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3314  hypothetical protein  33.8 
 
 
177 aa  88.6  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.467918  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0267  hypothetical protein  32.56 
 
 
175 aa  85.1  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2504  hypothetical protein  30.87 
 
 
175 aa  84.3  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.941504  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1101  hypothetical protein  32.41 
 
 
167 aa  84  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0768247  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0051  hypothetical protein  29.46 
 
 
176 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1383  hypothetical protein  29.46 
 
 
176 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0027  hypothetical protein  31.01 
 
 
178 aa  77.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1697  putative signal peptide protein  29.58 
 
 
165 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0042  hypothetical protein  29.46 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3291  hypothetical protein  27.37 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.531023  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3614  hypothetical protein  27.37 
 
 
227 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3015  hypothetical protein  26.71 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3491  hypothetical protein  27.27 
 
 
225 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.135183 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0268  hypothetical protein  28.68 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2793  hypothetical protein  24.31 
 
 
162 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.577158 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0638  hypothetical protein  24.04 
 
 
192 aa  51.2  0.000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1065  hypothetical protein  24.83 
 
 
165 aa  50.1  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0282386  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0707  hypothetical protein  25.35 
 
 
166 aa  47.4  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.19385  normal  0.736244 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2699  hypothetical protein  28.4 
 
 
312 aa  47  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1438  hypothetical protein  26.15 
 
 
165 aa  41.2  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>