44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0094 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0094  hypothetical protein  100 
 
 
199 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156875  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0708  hypothetical protein  86.08 
 
 
192 aa  337  6e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0402  hypothetical protein  76.17 
 
 
191 aa  302  3e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0924782  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0036  hypothetical protein  68.6 
 
 
209 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3627  hypothetical protein  64.58 
 
 
182 aa  261  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.2314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0242  hypothetical protein  80.14 
 
 
186 aa  257  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2807  hypothetical protein  71.97 
 
 
182 aa  254  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.909719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1227  hypothetical protein  45.73 
 
 
227 aa  148  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0152651 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0405  hypothetical protein  45.07 
 
 
178 aa  144  7e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.188703  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3484  hypothetical protein  41.62 
 
 
227 aa  143  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4489  hypothetical protein  34.62 
 
 
203 aa  117  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4557  hypothetical protein  33.7 
 
 
206 aa  115  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38864  decreased coverage  0.00129383 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4170  hypothetical protein  38.51 
 
 
169 aa  114  1e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107472  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3345  hypothetical protein  37.5 
 
 
175 aa  109  2e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3373  hypothetical protein  37.06 
 
 
173 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299059  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0091  hypothetical protein  36.55 
 
 
167 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1381  hypothetical protein  34.16 
 
 
190 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0080  hypothetical protein  37.24 
 
 
167 aa  105  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.44123  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3069  putative signal peptide protein  33.12 
 
 
167 aa  104  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0077  hypothetical protein  36.55 
 
 
204 aa  103  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.792313  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5420  putative signal peptide protein  39.44 
 
 
162 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0854015 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5961  hypothetical protein  33.56 
 
 
164 aa  101  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.796791  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4048  hypothetical protein  34.21 
 
 
169 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3725  hypothetical protein  35.17 
 
 
169 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4507  hypothetical protein  29.3 
 
 
241 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1364  hypothetical protein  35.86 
 
 
169 aa  94  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.743667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0267  hypothetical protein  35.16 
 
 
175 aa  91.7  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3314  hypothetical protein  34.03 
 
 
177 aa  90.1  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.467918  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2504  hypothetical protein  33.11 
 
 
175 aa  87  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.941504  normal  0.567566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1697  putative signal peptide protein  30.67 
 
 
165 aa  82.4  4e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1101  hypothetical protein  32.03 
 
 
167 aa  82  6e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0768247  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0051  hypothetical protein  30.71 
 
 
176 aa  78.2  7e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1383  hypothetical protein  30.71 
 
 
176 aa  78.2  7e-14  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3015  hypothetical protein  26.88 
 
 
182 aa  78.2  8e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0042  hypothetical protein  30.3 
 
 
176 aa  76.6  2e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3291  hypothetical protein  27.63 
 
 
227 aa  73.9  1e-12  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.531023  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3614  hypothetical protein  27.63 
 
 
227 aa  74.3  1e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0268  hypothetical protein  28.68 
 
 
168 aa  72.8  3e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3491  hypothetical protein  27.27 
 
 
225 aa  72.8  3e-12  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.135183 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0027  hypothetical protein  27.27 
 
 
178 aa  69.7  3e-11  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0707  hypothetical protein  25.38 
 
 
166 aa  55.1  7e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.19385  normal  0.736244 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2793  hypothetical protein  23.61 
 
 
162 aa  53.1  3e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.577158 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0638  hypothetical protein  23.12 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2699  hypothetical protein  28.66 
 
 
312 aa  42.4  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>