173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5311 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  100 
 
 
134 aa  270  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  100 
 
 
134 aa  270  6e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  98.51 
 
 
134 aa  266  8e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  81.95 
 
 
133 aa  223  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  81.95 
 
 
133 aa  220  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  81.2 
 
 
133 aa  218  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  76.74 
 
 
135 aa  203  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  76.74 
 
 
135 aa  202  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  79.03 
 
 
130 aa  197  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  77.31 
 
 
134 aa  188  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  118  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  51.3 
 
 
118 aa  117  5e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  51.3 
 
 
118 aa  117  5e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  116  8e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  116  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  116  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  116  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  115  2e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  49.57 
 
 
120 aa  114  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  53.04 
 
 
119 aa  115  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  50.43 
 
 
118 aa  114  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  49.12 
 
 
119 aa  112  1e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  48.7 
 
 
118 aa  110  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  48.7 
 
 
120 aa  110  7e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  46.96 
 
 
128 aa  110  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  50 
 
 
119 aa  109  2e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  47.83 
 
 
120 aa  108  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  46.09 
 
 
118 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  108  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  48.31 
 
 
119 aa  108  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  50.43 
 
 
120 aa  107  4e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  47.83 
 
 
118 aa  107  8e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  46.61 
 
 
119 aa  105  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  105  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  105  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  105  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  105  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  47.83 
 
 
119 aa  105  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  46.49 
 
 
117 aa  104  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  103  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  46.09 
 
 
115 aa  102  1e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  46.96 
 
 
119 aa  102  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  44.63 
 
 
132 aa  103  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  41.8 
 
 
128 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  47.12 
 
 
108 aa  100  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.47963e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  44.35 
 
 
132 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  46.15 
 
 
107 aa  98.2  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.92203e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  44.86 
 
 
108 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.57593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  46.15 
 
 
108 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  45.19 
 
 
108 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  38.98 
 
 
162 aa  85.1  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  37.27 
 
 
135 aa  82  2e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  40.91 
 
 
128 aa  81.6  3e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 
123 aa  81.3  4e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  37.07 
 
 
122 aa  79.7  1e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  40 
 
 
127 aa  79.7  1e-14  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  36.13 
 
 
120 aa  79.3  2e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  39.05 
 
 
119 aa  79  2e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  33.64 
 
 
123 aa  77.4  6e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  40.37 
 
 
114 aa  76.6  9e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  39.45 
 
 
114 aa  75.9  2e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  38.89 
 
 
123 aa  72.8  1e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  31.86 
 
 
130 aa  73.2  1e-12  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  35.78 
 
 
123 aa  68.2  3e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  37.17 
 
 
116 aa  67.4  6e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 
122 aa  65.9  2e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  35.09 
 
 
123 aa  65.9  2e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  36.67 
 
 
135 aa  62.8  2e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 
121 aa  61.6  3e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  34.58 
 
 
130 aa  60.5  7e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  40.26 
 
 
116 aa  58.5  3e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  2.04064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  40.48 
 
 
86 aa  58.2  4e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  38.1 
 
 
131 aa  57.8  5e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  35.64 
 
 
109 aa  57.4  7e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  46.88 
 
 
117 aa  57  9e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  40.48 
 
 
140 aa  57  9e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03486  ribonuclease P protein component  41.46 
 
 
109 aa  56.6  1e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  37.63 
 
 
129 aa  56.2  1e-07  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  2.99838e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  33.96 
 
 
119 aa  56.2  1e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  34.75 
 
 
116 aa  56.2  2e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.75953e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 
169 aa  55.5  2e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  4.56921e-05 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  38.39 
 
 
116 aa  55.1  3e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  30.51 
 
 
118 aa  54.7  4e-07  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  44.44 
 
 
126 aa  54.3  5e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  2.13724e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3759  ribonuclease P protein component  40.48 
 
 
140 aa  54.7  5e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  39.24 
 
 
99 aa  54.7  5e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  37.65 
 
 
117 aa  53.9  8e-07  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.71159e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  44.83 
 
 
131 aa  53.1  1e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  32.99 
 
 
115 aa  52.8  2e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.00185e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 
110 aa  52.4  2e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 
155 aa  52.8  2e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3552  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 
136 aa  52.4  2e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>