More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3978 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_52580  aspartate kinase  90.29 
 
 
412 aa  751  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1442  aspartate kinase  98.78 
 
 
411 aa  820  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0731797  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3978  aspartate kinase  100 
 
 
411 aa  829  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2902  aspartate kinase  91.26 
 
 
424 aa  768  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3762  aspartate kinase  98.05 
 
 
411 aa  816  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.216913  normal  0.392085 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4274  aspartate kinase  93.7 
 
 
413 aa  786  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  9.67452e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3555  aspartate kinase  93.19 
 
 
410 aa  777  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00961214  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4611  aspartate kinase  90.05 
 
 
412 aa  751  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34450  aspartate kinase  91.48 
 
 
411 aa  762  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0250796  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1843  aspartate kinase, monofunctional class  93.19 
 
 
410 aa  777  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.369756  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4473  aspartate kinase  98.78 
 
 
411 aa  820  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3627  aspartate kinase  75.92 
 
 
413 aa  633  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  9.37685e-05  decreased coverage  1.09716e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0966  aspartate kinase  78.22 
 
 
412 aa  627  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00725941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0969  aspartate kinase  74.32 
 
 
409 aa  611  1e-174  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1300  aspartate kinase  74.07 
 
 
408 aa  607  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.8313e-10  normal  0.0162978 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1290  aspartate kinase  75.61 
 
 
409 aa  605  1e-172  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.686916  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0390  aspartate kinase  73.51 
 
 
409 aa  593  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2515  aspartate kinase  71.6 
 
 
406 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00310544  normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0927  aspartate kinase  71.64 
 
 
413 aa  592  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0567  aspartate kinase  71.67 
 
 
408 aa  592  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.475671  normal  0.793189 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1613  aspartate kinase  72.77 
 
 
414 aa  585  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  0.584087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1480  aspartate kinase  73.51 
 
 
416 aa  583  1e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.630457  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1652  aspartate kinase  71.04 
 
 
416 aa  572  1e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0358  aspartate kinase  70.27 
 
 
410 aa  569  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00114688  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1639  aspartate kinase  67.63 
 
 
428 aa  564  1e-160  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.45942e-05  hitchhiker  0.000682871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1941  aspartate kinase  70.44 
 
 
409 aa  566  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.122463  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1461  aspartate kinase  67.63 
 
 
428 aa  567  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  3.57046e-13  hitchhiker  3.74387e-05 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0626  aspartate kinase  70.53 
 
 
414 aa  562  1e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  1.47671e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0571  aspartate kinase  69.68 
 
 
408 aa  558  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0407  aspartate kinase, monofunctional class  69.68 
 
 
408 aa  558  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1612  aspartate kinase  66.35 
 
 
427 aa  539  1e-152  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  4.35622e-10  hitchhiker  1.29841e-08 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2452  aspartate kinase  65.08 
 
 
453 aa  536  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.459441  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1589  aspartate kinase  68.38 
 
 
408 aa  537  1e-151  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.53157e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3379  aspartate kinase  66.83 
 
 
410 aa  533  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.24538e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1674  aspartate kinase  64.59 
 
 
422 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.998246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2889  aspartate kinase  63.33 
 
 
422 aa  527  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.428464  normal  0.0547466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2860  aspartate kinase  63.9 
 
 
422 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1353  aspartate kinase  63.51 
 
 
422 aa  522  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0422902  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4940  aspartate kinase  63.98 
 
 
422 aa  521  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.43762  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3086  aspartate kinase  63.9 
 
 
422 aa  524  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2324  aspartate kinase  63.42 
 
 
423 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.752292  hitchhiker  0.000104056 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2086  aspartate kinase  62.47 
 
 
422 aa  514  1e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0950022  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1628  aspartate kinase  62.47 
 
 
422 aa  514  1e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.539935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1832  aspartate kinase  66.01 
 
 
410 aa  513  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.722812  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1799  aspartate kinase  62.03 
 
 
405 aa  508  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00100247  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2591  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1945  aspartate kinase  64.01 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2677  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.88533  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1652  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2154  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1427  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3161  aspartate kinase  64.25 
 
 
416 aa  507  1e-142  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.40885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2511  aspartate kinase  61.9 
 
 
421 aa  503  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.628463  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1006  aspartate kinase  62.04 
 
 
410 aa  504  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.23126e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5380  aspartate kinase  63.53 
 
 
417 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0197228  normal  0.567081 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2540  aspartate kinase  64.01 
 
 
416 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.585891  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1386  aspartate kinase  63.53 
 
 
416 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0459009  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1207  aspartate kinase  63.77 
 
 
416 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629425  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1979  aspartate kinase  63.07 
 
 
417 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28482  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1012  aspartate kinase  64.49 
 
 
416 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.173113  normal  0.0921493 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1089  aspartate kinase  64.98 
 
 
416 aa  498  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  2.3583e-09  hitchhiker  0.00464797 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1171  aspartate kinase  64.49 
 
 
416 aa  498  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000593821  normal  0.758494 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2109  aspartate kinase  63.07 
 
 
417 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.371456  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2093  aspartate kinase  63.29 
 
 
417 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0140093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1106  aspartate kinase  64.49 
 
 
416 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.736404  normal  0.554707 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2074  aspartate kinase  63.29 
 
 
417 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6003  aspartate kinase  63.29 
 
 
417 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1630  aspartate kinase  63.04 
 
 
416 aa  494  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  7.35102e-05  normal  0.733503 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1126  aspartate kinase  64.01 
 
 
416 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  7.63531e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2318  aspartate kinase  60.93 
 
 
407 aa  495  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.67569e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2506  aspartate kinase  62.8 
 
 
416 aa  493  1e-138  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0261079  hitchhiker  0.00613103 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3019  aspartate kinase  61.54 
 
 
405 aa  491  1e-138  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0862  aspartate kinase  64.98 
 
 
416 aa  490  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1264  aspartate kinase  61.29 
 
 
404 aa  490  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  2.23474e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1880  aspartate kinase  61.29 
 
 
405 aa  485  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  2.66682e-14  hitchhiker  8.23679e-05 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0976  aspartate kinase  64.49 
 
 
416 aa  484  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0991  aspartokinase  60.49 
 
 
409 aa  482  1e-135  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  4.71315e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0884  aspartate kinase  60.25 
 
 
409 aa  478  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.66262e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2531  aspartate kinase  61.29 
 
 
404 aa  481  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.1173e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0966  aspartate kinase  59.51 
 
 
418 aa  470  1e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0227813  hitchhiker  0.000505058 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2262  aspartate kinase  59.31 
 
 
404 aa  467  1e-130  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  1.47386e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1377  aspartate kinase  56.33 
 
 
400 aa  454  1e-126  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  3.78473e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1251  aspartate kinase  56.05 
 
 
408 aa  452  1e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.545654 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0743  aspartate kinase  58.37 
 
 
406 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0773  aspartate kinase  58.17 
 
 
406 aa  449  1e-125  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0117085  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0999  aspartate kinase  56.08 
 
 
401 aa  446  1e-124  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.419107  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1570  aspartate kinase  55.72 
 
 
399 aa  445  1e-124  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1044  aspartate kinase  58.6 
 
 
411 aa  445  1e-124  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0610  aspartate kinase  54.34 
 
 
400 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0685  aspartate kinase  54.34 
 
 
400 aa  443  1e-123  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.985937  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1650  aspartate kinase  53.48 
 
 
403 aa  438  1e-122  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00485759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2173  aspartate kinase  57.35 
 
 
417 aa  439  1e-122  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2018  aspartate kinase  54.73 
 
 
399 aa  439  1e-122  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  7.59653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2048  aspartate kinase  53.41 
 
 
409 aa  438  1e-122  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.122311  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1141  aspartate kinase  53.71 
 
 
411 aa  439  1e-122  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0276  aspartate kinase  54.7 
 
 
409 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067186 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1087  aspartate kinase  53.35 
 
 
400 aa  437  1e-121  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1116  aspartate kinase  55.28 
 
 
404 aa  432  1e-120  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  unclonable  2.16352e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1008  aspartate kinase  56.44 
 
 
405 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0669  aspartate kinase  55.09 
 
 
400 aa  429  1e-119  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>