24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0234 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0234  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 153 aa  312  9.999999999999999e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000166593  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0798  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  64 
 
 		 152 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0116  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  61.27 
 
 		 144 aa  176  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000413034  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1168  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.2 
 
 		 140 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000143232  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1207  sigma-24 (FecI-like)  54.2 
 
 		 140 aa  144  5e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000222936  normal  0.681645 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.67 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000210655  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1020  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.62 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.571347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1383  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.87 
 
 		 140 aa  137  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1389  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.28 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1095  sigma-24 (FecI-like)  46.67 
 
 		 140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0910  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.89 
 
 		 152 aa  122  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487254  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.15 
 
 		 146 aa  121  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000107288  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.8 
 
 		 150 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1120  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.447774  normal  0.302876 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1941  hypothetical protein  38.58 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1085  hypothetical protein  31.01 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.628717  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  24.69 
 
 		 207 aa  44.3  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  21.6 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.69 
 
 		 263 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.22 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  21.6 
 
 		 204 aa  40.8  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.88 
 
 		 195 aa  40.8  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.6 
 
 		 268 aa  40.8  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.94 
 
 		 189 aa  40.8  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>