290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2960 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  100 
 
 		 248 aa  517  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  59.29 
 
 		 224 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  57.85 
 
 		 222 aa  279  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  57.21 
 
 		 223 aa  271  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  56.95 
 
 		 222 aa  271  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0580  hypothetical protein  57.78 
 
 		 226 aa  270  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.894879  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  55.61 
 
 		 222 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3109  radical SAM domain protein  56.31 
 
 		 223 aa  269  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000108893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2014  radical activating enzyme  56.05 
 
 		 222 aa  268  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  56.05 
 
 		 222 aa  268  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3099  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000109551  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  56.95 
 
 		 222 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  56.05 
 
 		 222 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1825  radical activating enzyme  55.95 
 
 		 233 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.40401  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3148  radical SAM domain-containing protein  56.31 
 
 		 223 aa  268  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000734892  normal  0.311004 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3084  radical SAM domain protein  56.31 
 
 		 223 aa  268  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000255818  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3265  radical SAM domain-containing protein  56.31 
 
 		 223 aa  268  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3167  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  268  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000157264  normal  0.548962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  56.95 
 
 		 222 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  56.5 
 
 		 222 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  56.05 
 
 		 222 aa  267  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02622  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0912  conserved hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000203902  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2910  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000863859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3080  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000477114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2918  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.7449199999999994e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02584  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000638386  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0935  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000274693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4033  hypothetical protein  56.31 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000488158  normal  0.75822 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  56.5 
 
 		 222 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  56.5 
 
 		 222 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3444  radical SAM domain-containing protein  55.86 
 
 		 223 aa  265  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3313  radical SAM domain-containing protein  55.86 
 
 		 223 aa  265  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.566212  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0977  radical SAM domain-containing protein  55.86 
 
 		 223 aa  265  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  55.16 
 
 		 222 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  56.05 
 
 		 222 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  57.27 
 
 		 226 aa  262  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  55.61 
 
 		 223 aa  262  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3531  hypothetical protein  55.16 
 
 		 223 aa  261  6.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.786232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3229  radical SAM domain-containing protein  54.05 
 
 		 223 aa  259  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000624181  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0978  hypothetical protein  53.15 
 
 		 245 aa  259  4e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  53.81 
 
 		 222 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  53.15 
 
 		 224 aa  255  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2551  radical activating enzyme  53.81 
 
 		 222 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92162  normal  0.0345357 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  54.26 
 
 		 223 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  52.47 
 
 		 222 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003398  queuosine Biosynthesis QueE Radical SAM  51.8 
 
 		 226 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.593414  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  51.12 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02385  hypothetical protein  51.38 
 
 		 216 aa  239  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6259  Radical SAM domain protein  46.12 
 
 		 230 aa  225  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0220  hypothetical protein  48.2 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.56743  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7690  hypothetical protein  45.06 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  36.96 
 
 		 210 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  30.38 
 
 		 226 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  34.31 
 
 		 206 aa  113  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18811  putative organic radical activating protein  34.45 
 
 		 223 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.533025  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1783  putative organic radical activating protein  32.1 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.644545  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  33.78 
 
 		 205 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  35.45 
 
 		 207 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  34.67 
 
 		 195 aa  108  6e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18221  putative organic radical activating protein  32.24 
 
 		 226 aa  108  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  32.74 
 
 		 216 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  33.64 
 
 		 193 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  33.33 
 
 		 205 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06800  hypothetical protein  31.54 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0516243  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0487  radical SAM domain-containing protein  31.54 
 
 		 210 aa  106  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  32.89 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21641  putative organic radical activating protein  32.17 
 
 		 213 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.321633 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1292  putative organic radical activating protein  32.17 
 
 		 213 aa  105  8e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  31.17 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0659  Radical SAM domain protein  32.5 
 
 		 210 aa  102  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.917391  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2599  organic radical activating protein  32.31 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.836809  normal  0.140596 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  30.8 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  31.72 
 
 		 205 aa  99.8  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19001  putative organic radical activating protein  30.99 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.843472  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 		 192 aa  97.4  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18811  putative organic radical activating protein  30.47 
 
 		 223 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.409827  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0080  hypothetical protein  32.74 
 
 		 207 aa  97.1  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.557073  normal  0.147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  31.08 
 
 		 209 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1418  radical SAM domain-containing protein  32.08 
 
 		 217 aa  89.7  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0659  Radical SAM domain protein  30.58 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.815067  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  30.42 
 
 		 211 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3844  hypothetical protein  30.42 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.621065  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  30.43 
 
 		 197 aa  85.9  6e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1300  hypothetical protein  28.69 
 
 		 210 aa  85.1  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1082  hypothetical protein  27.73 
 
 		 210 aa  85.1  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0796738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0794  hypothetical protein  29.88 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  29.74 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  29.88 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2645  hypothetical protein  29.22 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1329  hypothetical protein  29.67 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  29.41 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1382  hypothetical protein  29.34 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41745  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  29.67 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2104  hypothetical protein  28.86 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00607165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1198  hypothetical protein  28.45 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.792067  normal  0.949639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>