207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1213 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 
86 aa  174  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  62.79 
 
 
87 aa  106  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.86 
 
 
123 aa  96.7  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.41 
 
 
107 aa  91.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.29 
 
 
107 aa  90.9  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.62 
 
 
87 aa  90.5  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.19 
 
 
88 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.19 
 
 
88 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.1 
 
 
74 aa  87.8  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.62 
 
 
87 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.41 
 
 
83 aa  85.1  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.42 
 
 
91 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  60 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  60 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.19 
 
 
86 aa  84  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.19 
 
 
86 aa  84  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.42 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.42 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.42 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.42 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65.62 
 
 
93 aa  81.6  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.38 
 
 
87 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
87 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
87 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.01 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.1 
 
 
70 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.81 
 
 
91 aa  80.1  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.81 
 
 
91 aa  80.1  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.33 
 
 
121 aa  78.6  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4018  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.52 
 
 
71 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.506411  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3048  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0816  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2649  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3014  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.82 
 
 
67 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.380973  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.88 
 
 
68 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1587  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00788426  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3084  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.590238  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0906  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381114  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0670  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503801 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.54 
 
 
74 aa  77  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0960  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0844309  normal  0.542066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2472  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.14 
 
 
70 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.84 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.62 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.52 
 
 
129 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.79 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.27 
 
 
132 aa  75.5  0.0000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  63.79 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2400  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.32 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0472  RNA polymerase, omega subunit  57.35 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.45 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2275  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.32 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0173357  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1955  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.32 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.3797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.33 
 
 
95 aa  74.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2716  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.67 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.33 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000451528  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1456  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.75 
 
 
90 aa  73.6  0.0000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3657  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.06 
 
 
88 aa  73.6  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.284289  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.27 
 
 
113 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.06 
 
 
91 aa  73.6  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3590  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.06 
 
 
88 aa  73.6  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3731  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.06 
 
 
88 aa  73.6  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
90 aa  73.2  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
68 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.91 
 
 
86 aa  73.6  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.79 
 
 
130 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
98 aa  72.4  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2027  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269259  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.85 
 
 
92 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.95 
 
 
91 aa  72  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0644  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.07 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.38 
 
 
131 aa  72  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.07 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3984  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4100  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
91 aa  72  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3711  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.24 
 
 
88 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.82 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>