135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0026 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
139 aa  280  3e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  93.53 
 
 
139 aa  266  6e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  89.93 
 
 
139 aa  253  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  89.93 
 
 
138 aa  249  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  89.05 
 
 
139 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  88.81 
 
 
139 aa  243  5e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  83.21 
 
 
138 aa  226  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  71.21 
 
 
137 aa  191  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  67.42 
 
 
140 aa  187  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  63.24 
 
 
138 aa  182  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  66.41 
 
 
139 aa  178  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  63.36 
 
 
135 aa  177  5e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  64.12 
 
 
137 aa  174  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  64.12 
 
 
137 aa  174  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  62.5 
 
 
166 aa  173  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  64.06 
 
 
140 aa  172  2e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  63.97 
 
 
139 aa  172  2e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  62.77 
 
 
155 aa  162  2e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
147 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  51.85 
 
 
137 aa  148  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  53.9 
 
 
152 aa  142  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  54.69 
 
 
142 aa  141  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  52.27 
 
 
137 aa  140  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  50.37 
 
 
152 aa  137  4e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  48.85 
 
 
140 aa  137  4e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
152 aa  135  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  52.21 
 
 
161 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  53.49 
 
 
144 aa  132  1e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  51.15 
 
 
141 aa  131  4e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  51.15 
 
 
141 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  52.67 
 
 
171 aa  130  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  47.3 
 
 
174 aa  129  2e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  47.33 
 
 
138 aa  128  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 
140 aa  126  8e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 
145 aa  126  1e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  50 
 
 
146 aa  122  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  47.66 
 
 
210 aa  120  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 
128 aa  115  2e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  45.77 
 
 
156 aa  113  1e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  44.85 
 
 
136 aa  109  1e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  48.36 
 
 
120 aa  106  8e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  42.54 
 
 
131 aa  104  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  39.55 
 
 
136 aa  102  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  45.83 
 
 
123 aa  102  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  46.92 
 
 
141 aa  101  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
123 aa  101  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  43.38 
 
 
135 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  44.17 
 
 
126 aa  100  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  43.8 
 
 
119 aa  100  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  42.98 
 
 
120 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  42.98 
 
 
120 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  42.98 
 
 
120 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 
134 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 
134 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 
135 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  40.6 
 
 
149 aa  94  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  37.96 
 
 
213 aa  93.6  7e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 
142 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
135 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
162 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
142 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  44.35 
 
 
135 aa  92  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  41.41 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.23 
 
 
215 aa  91.3  4e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 
134 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
146 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 
135 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 
143 aa  89  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  34.35 
 
 
145 aa  88.2  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  53.93 
 
 
121 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
149 aa  87  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
133 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  41.6 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 
121 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  39.42 
 
 
135 aa  80.1  1e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  55.07 
 
 
121 aa  79.3  1e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  38.73 
 
 
180 aa  78.2  3e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  49.28 
 
 
125 aa  77.8  4e-14  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 
129 aa  75.5  3e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  35.66 
 
 
128 aa  72.8  1e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
130 aa  73.2  1e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  35.66 
 
 
127 aa  71.6  3e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 
148 aa  66.6  1e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 
114 aa  66.2  1e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 
113 aa  64.7  4e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
149 aa  63.2  1e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  28.15 
 
 
135 aa  61.6  3e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  31.97 
 
 
144 aa  62  3e-09  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 
149 aa  60.1  1e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  30 
 
 
134 aa  54.7  5e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 
139 aa  54.3  5e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
138 aa  54.3  5e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
108 aa  53.9  7e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  27.34 
 
 
135 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 
135 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 
124 aa  50.8  6e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
151 aa  48.9  2e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  24.22 
 
 
135 aa  48.5  3e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>