296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_R0018 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  96.67 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  96.67 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  95.92 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1560  tRNA-Met  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.443408  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2225  tRNA-Met  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.357259  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2248  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0031  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000375201  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4259  tRNA-Met  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0032  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000831848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0035  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000293929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0066  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00279413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0332  tRNA-Met  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0062  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000650555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0031  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13660  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0986692  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4255  tRNA-Met  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1357e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0027  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155792  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>