298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0029 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  93.15 
 
 
74 bp  105  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  94.52 
 
 
76 bp  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  91.89 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  2.47527e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.20516e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  92.06 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.75321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  91.67 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  88 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.39 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.39 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  91.38 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  95.45 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  1.52408e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  92.31 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.13688e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  88.24 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.81838e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.31 
 
 
79 bp  71.9  2e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  90.74 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  89.39 
 
 
76 bp  67.9  3e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  89.66 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  89.39 
 
 
73 bp  67.9  3e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.00399e-07  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  89.66 
 
 
79 bp  67.9  3e-10  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  91.84 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  87.69 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.91538e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.83529e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.71008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.00461e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.69 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  3.59807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  91.84 
 
 
76 bp  65.9  1e-09  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  88.24 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.5 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  87.93 
 
 
79 bp  60  8e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.99679e-09  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  89.66 
 
 
76 bp  60  8e-08  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  9.65131e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.47728e-11  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.22334e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.23271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  87.93 
 
 
79 bp  60  8e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  87.93 
 
 
79 bp  60  8e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  87.93 
 
 
79 bp  60  8e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  86.49 
 
 
73 bp  60  8e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.21106e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  4.50897e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.84792e-07  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.31563e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.36 
 
 
77 bp  60  8e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.04257e-07  normal  0.0490719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>