More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2120 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  605  1e-172  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 
293 aa  603  1e-172  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  100 
 
 
293 aa  605  1e-172  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
293 aa  605  1e-172  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 
293 aa  603  1e-172  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  97.95 
 
 
293 aa  598  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  97.27 
 
 
293 aa  590  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  96.93 
 
 
293 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  97.27 
 
 
293 aa  589  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  84.45 
 
 
290 aa  506  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  84.45 
 
 
290 aa  506  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  84.45 
 
 
290 aa  506  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  84.45 
 
 
290 aa  506  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  84.45 
 
 
290 aa  506  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  81.27 
 
 
292 aa  494  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  67.49 
 
 
289 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
288 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
288 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
288 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  66.08 
 
 
295 aa  404  1e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  66.43 
 
 
291 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  66.43 
 
 
292 aa  399  1e-110  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 
296 aa  307  1e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 
290 aa  301  8e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  51.04 
 
 
290 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 
290 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.77 
 
 
289 aa  298  5e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  51.77 
 
 
289 aa  298  5e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 
289 aa  298  5e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
305 aa  297  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
297 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 
287 aa  283  3e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 
297 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 
297 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
297 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 
297 aa  269  3e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2310  transcriptional regulator, LysR family  47.87 
 
 
287 aa  251  9e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
284 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  41.32 
 
 
284 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 
305 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 
305 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
305 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
304 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
302 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
304 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
314 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
292 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
302 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
309 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
304 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  41.2 
 
 
288 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
304 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
304 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
301 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  38.3 
 
 
298 aa  199  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  37.63 
 
 
302 aa  195  8e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
291 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.33975e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
295 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 
305 aa  189  3e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
289 aa  190  3e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
299 aa  190  3e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 
304 aa  189  3e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
294 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 
297 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  40.14 
 
 
321 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
321 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
341 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
337 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
341 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  40.14 
 
 
341 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
341 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5316  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
301 aa  184  1e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.680979  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
296 aa  182  4e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 
321 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  37.5 
 
 
292 aa  174  1e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.20497e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
300 aa  174  1e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5034  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
301 aa  172  7e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  35.23 
 
 
284 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  3.91017e-13 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 
283 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
295 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
283 aa  169  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
283 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
283 aa  166  6e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
283 aa  165  7e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
296 aa  165  7e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
287 aa  165  9e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
283 aa  165  9e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  32.52 
 
 
285 aa  164  2e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
283 aa  164  2e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
283 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
283 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
283 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
283 aa  163  4e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
288 aa  158  9e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
288 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
288 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 
288 aa  156  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
288 aa  156  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
288 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
292 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>