More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0090 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0090  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
107 aa  213  6e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0661954 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2246  50S ribosomal protein L24  87.74 
 
 
107 aa  187  6e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00124934  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1754  50S ribosomal protein L24  85.85 
 
 
107 aa  184  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277856  normal  0.617775 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0671  50S ribosomal protein L24  74.31 
 
 
110 aa  162  2e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.367854  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2054  50S ribosomal protein L24  65.09 
 
 
107 aa  148  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00180393  normal  0.0527176 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2763  50S ribosomal protein L24  61.54 
 
 
109 aa  146  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  1.54774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1383  50S ribosomal protein L24  65.05 
 
 
105 aa  127  5e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000287924  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1303  50S ribosomal protein L24  65.05 
 
 
105 aa  127  5e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.35301e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1566  ribosomal protein L24  58.1 
 
 
109 aa  127  7e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0712  ribosomal protein L24  58.1 
 
 
109 aa  124  4e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97674e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0637  50S ribosomal protein L24  60.19 
 
 
108 aa  120  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.69052e-11  hitchhiker  1.15674e-08 
 
 
-
 
NC_002936  DET0485  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
103 aa  118  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0200384  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0462  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
103 aa  117  6e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  7.81328e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_428  ribosomal protein L24  55.34 
 
 
103 aa  117  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  2.82756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0779  ribosomal protein L24  54.37 
 
 
106 aa  117  6e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  55.88 
 
 
104 aa  117  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1127  50S ribosomal protein L24  58.82 
 
 
107 aa  115  2e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0371151  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1513  ribosomal protein L24  57.14 
 
 
107 aa  115  2e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.523195  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2700  50S ribosomal protein L24  54.21 
 
 
106 aa  115  2e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01280  ribosomal protein L24  54.37 
 
 
104 aa  114  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.67287  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0964  50S ribosomal protein L24  53.92 
 
 
106 aa  113  7e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0198062  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2846  50S ribosomal protein L24  56.31 
 
 
108 aa  114  7e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0782978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0236  ribosomal protein L24  56.07 
 
 
106 aa  112  1e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0297  50S ribosomal protein L24  52.34 
 
 
106 aa  112  2e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.32797e-05  normal  0.0989855 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1077  50S ribosomal protein L24  53.4 
 
 
109 aa  111  4e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00115377  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0719  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
108 aa  109  1e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172071  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0508  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
106 aa  107  4e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  3.13767e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0338  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
106 aa  107  4e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.530632  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
105 aa  107  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3317  50S ribosomal protein L24  53.4 
 
 
108 aa  107  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79299e-11 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0944  50S ribosomal protein L24  53.4 
 
 
108 aa  107  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0101815  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
104 aa  107  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2703  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  52.94 
 
 
104 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0334  ribosomal protein L24  51.96 
 
 
107 aa  104  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  3.66107e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0858  50S ribosomal protein L24P  51.49 
 
 
112 aa  104  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  3.39235e-05  hitchhiker  0.000468877 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2388  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
104 aa  104  4e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  52.94 
 
 
105 aa  103  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  52.94 
 
 
104 aa  104  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  5.85684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2313  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
105 aa  103  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.26749e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23360  50S ribosomal protein L24  52.34 
 
 
106 aa  103  6e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  1.32884e-06  hitchhiker  1.26153e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  103  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.84148e-07  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0469  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
106 aa  103  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1357  50S ribosomal protein L24  50.48 
 
 
108 aa  103  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00374615  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0226  50S ribosomal protein L24  49.53 
 
 
106 aa  103  9e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.70602e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2167  50S ribosomal protein L24  51.4 
 
 
106 aa  102  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.151202  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2449  50S ribosomal protein L24  51.43 
 
 
108 aa  102  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1734  50S ribosomal protein L24  52.34 
 
 
110 aa  103  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  2.98754e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0404  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  8.39278e-08  hitchhiker  1.41467e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3503  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.02759e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.35344e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.15284e-07  unclonable  3.47385e-12 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3792  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.56632e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4632  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.90519e-06  normal  0.45352 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.51512e-07  unclonable  8.02476e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3733  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.012207  normal  0.015742 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3625  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00533524  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3604  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.61475e-06  normal  0.0245278 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.41259e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3698  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000743122  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3796  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307428  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3694  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.31178e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3625  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  3.01612e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0726  ribosomal protein L24  49.51 
 
 
105 aa  102  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  54.37 
 
 
107 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.10454e-05  normal  0.227235 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03160  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.06027e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5135  ribosomal protein L24  48.54 
 
 
101 aa  102  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.403421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3811  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  3.90603e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03111  hypothetical protein  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  1.61136e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0416  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000325696  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.29578e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0404  ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.398e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0847  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
105 aa  101  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
107 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
107 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.72359e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2322  ribosomal protein L24  49.04 
 
 
103 aa  101  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000374748  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0159  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  101  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.58735e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
105 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  7.94802e-08  hitchhiker  1.84934e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  48.04 
 
 
104 aa  101  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.26624e-08  unclonable  4.82395e-11 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  101  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.00309e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  100  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  8.44667e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0334  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
104 aa  101  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  8.49803e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3990  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0024494  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1667  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00304946  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0691  50S ribosomal protein L24  53.06 
 
 
108 aa  100  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 
104 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.75822e-07  unclonable  1.17044e-08 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4533  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.14986e-09  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  6.47333e-06  hitchhiker  8.84976e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  54.08 
 
 
104 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  54.08 
 
 
104 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.56583e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0992  50S ribosomal protein L24  52.48 
 
 
105 aa  99.8  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.370569  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.11949e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  99.8  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.4526e-08  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0730  ribosomal protein L24  50.49 
 
 
106 aa  98.6  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00351151  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1174  50S ribosomal protein L24  44.55 
 
 
110 aa  98.6  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.228607  normal  0.187768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  98.6  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  98.6  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.45945e-08  hitchhiker  1.36946e-09 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0433  50S ribosomal protein L24  53.92 
 
 
112 aa  99  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268468  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  49.02 
 
 
104 aa  98.6  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.93081e-07  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>