More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2676 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  100 
 
 
137 aa  277  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  85.07 
 
 
173 aa  241  2e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  77.78 
 
 
173 aa  224  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  74.63 
 
 
184 aa  219  1e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  76.12 
 
 
156 aa  218  2e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  218  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  73.33 
 
 
178 aa  218  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  75.37 
 
 
156 aa  217  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  74.07 
 
 
156 aa  216  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  74.81 
 
 
156 aa  216  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  74.07 
 
 
156 aa  215  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  74.07 
 
 
154 aa  213  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  74.44 
 
 
155 aa  212  1e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  71.43 
 
 
153 aa  205  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
169 aa  204  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  72.44 
 
 
169 aa  197  6e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  67.16 
 
 
202 aa  194  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  67.41 
 
 
177 aa  194  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  66.42 
 
 
174 aa  193  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  65.93 
 
 
137 aa  193  8e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  67.15 
 
 
173 aa  192  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  68.75 
 
 
172 aa  191  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  68.75 
 
 
166 aa  191  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  67.41 
 
 
179 aa  191  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  65.67 
 
 
178 aa  191  4e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  66.41 
 
 
182 aa  190  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  65.67 
 
 
178 aa  190  6e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  64.89 
 
 
173 aa  189  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  64.89 
 
 
174 aa  187  3e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
183 aa  186  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
183 aa  186  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
183 aa  186  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  62.96 
 
 
177 aa  186  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  64.62 
 
 
144 aa  186  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  64.93 
 
 
185 aa  184  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  66.17 
 
 
159 aa  184  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  63.85 
 
 
146 aa  184  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  63.91 
 
 
194 aa  184  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  63.91 
 
 
194 aa  184  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  70.15 
 
 
158 aa  183  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.57605e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  64.18 
 
 
171 aa  183  9e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  64.62 
 
 
175 aa  182  1e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  63.91 
 
 
194 aa  182  1e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  63.43 
 
 
156 aa  182  1e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 
173 aa  181  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2017  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
143 aa  181  4e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.20064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2149  translation initiation factor IF-3  72.39 
 
 
143 aa  181  4e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.05623e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2329  translation initiation factor IF-3  72.39 
 
 
143 aa  181  4e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000168758  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 
176 aa  181  4e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 
134 aa  181  4e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 
134 aa  181  4e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  72.39 
 
 
180 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.80897e-05  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 
178 aa  180  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  72.39 
 
 
180 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  63.36 
 
 
219 aa  180  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  61.94 
 
 
147 aa  179  8e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  61.94 
 
 
147 aa  179  9e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
177 aa  179  9e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  2.59634e-09 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  68.15 
 
 
180 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2044  translation initiation factor IF-3  70.9 
 
 
143 aa  179  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.02529e-07  hitchhiker  0.00743884 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
180 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  64.44 
 
 
177 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.18732e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  68.66 
 
 
180 aa  179  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.96048e-05  hitchhiker  8.35818e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  64.62 
 
 
181 aa  179  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  61.07 
 
 
173 aa  179  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1473  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  4.16491e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  64.44 
 
 
177 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2300  translation initiation factor IF-3  71.64 
 
 
143 aa  179  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2436  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.10655e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1799  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.7178e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2011  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.727215 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1936  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.50093e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1839  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.7261e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1429  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00177736  hitchhiker  0.00888747 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1462  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131964  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1445  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0313674  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
180 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2020  translation initiation factor IF-3  70.9 
 
 
143 aa  179  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000952633  normal  0.0516457 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01687  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00539573  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1960  translation initiation factor IF-3  68.15 
 
 
144 aa  179  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  2.34201e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1956  translation initiation factor IF-3  70.9 
 
 
143 aa  179  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.18119e-07  normal  0.362112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 
200 aa  178  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  65.93 
 
 
177 aa  178  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  64.44 
 
 
177 aa  178  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  61.07 
 
 
192 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  62.6 
 
 
151 aa  179  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  61.83 
 
 
145 aa  178  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  70.9 
 
 
150 aa  177  3e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.29466e-06  normal  0.021725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>