More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2011 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01687  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00539573  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1936  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150093  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1462  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131964  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2011  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.727215 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1429  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00177736  hitchhiker  0.00888747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1960  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234201  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2436  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000110655  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1445  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0313674  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1473  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000416491  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1799  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017178  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1839  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
144 aa  289  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000057261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  99.31 
 
 
180 aa  288  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  99.31 
 
 
180 aa  288  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  99.31 
 
 
180 aa  288  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1725  translation initiation factor IF-3  95.83 
 
 
144 aa  254  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00587564  normal  0.500746 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  93.06 
 
 
180 aa  249  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  92.36 
 
 
180 aa  247  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  90.97 
 
 
180 aa  244  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  89.58 
 
 
180 aa  243  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  77.62 
 
 
171 aa  240  6e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  90.48 
 
 
183 aa  231  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000356147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  72.03 
 
 
185 aa  223  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  73.94 
 
 
182 aa  223  9e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  80.42 
 
 
180 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  71.33 
 
 
155 aa  208  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  80.42 
 
 
173 aa  207  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  0.0000245728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  80.42 
 
 
150 aa  207  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000229466  normal  0.021725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2300  translation initiation factor IF-3  81.12 
 
 
143 aa  207  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  69.23 
 
 
153 aa  207  4e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2329  translation initiation factor IF-3  81.12 
 
 
143 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000168758  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0877  translation initiation factor IF-3  79.72 
 
 
159 aa  207  5e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000348215  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2017  translation initiation factor IF-3  80.42 
 
 
143 aa  207  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000520064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2149  translation initiation factor IF-3  81.12 
 
 
143 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000505623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1956  translation initiation factor IF-3  79.72 
 
 
143 aa  206  6e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.362112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2020  translation initiation factor IF-3  79.72 
 
 
143 aa  206  6e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000952633  normal  0.0516457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  81.12 
 
 
180 aa  206  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000180897  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  81.12 
 
 
180 aa  206  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103984  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2044  translation initiation factor IF-3  79.72 
 
 
143 aa  206  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000102529  hitchhiker  0.00743884 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1759  translation initiation factor IF-3  78.32 
 
 
183 aa  205  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00206313  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02484  Translation initiation factor 3  78.32 
 
 
144 aa  205  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00212518  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  70.42 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  69.72 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  70.42 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  76.92 
 
 
158 aa  204  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000757605  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  69.44 
 
 
156 aa  204  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  69.01 
 
 
178 aa  202  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  68.31 
 
 
178 aa  202  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  71.43 
 
 
154 aa  201  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0941  initiation factor IF3  82.17 
 
 
129 aa  201  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000800163  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2498  translation initiation factor IF-3  76.22 
 
 
154 aa  201  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00683377  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  68.53 
 
 
163 aa  200  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
156 aa  200  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
183 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  69.63 
 
 
184 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
183 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
177 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003715  translation initiation factor 3  81.4 
 
 
129 aa  198  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000019498  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
178 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
183 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  67.61 
 
 
156 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  64.58 
 
 
177 aa  197  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  66.9 
 
 
156 aa  197  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  63.89 
 
 
174 aa  196  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  65.28 
 
 
173 aa  194  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 
177 aa  194  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  64.58 
 
 
173 aa  193  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02080  hypothetical protein  78.32 
 
 
166 aa  193  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  68.15 
 
 
137 aa  193  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  68.53 
 
 
169 aa  192  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  67.36 
 
 
177 aa  192  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  62.5 
 
 
173 aa  191  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  68.06 
 
 
177 aa  190  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  67.36 
 
 
177 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  67.36 
 
 
177 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000118732  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  67.36 
 
 
177 aa  189  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  62.77 
 
 
173 aa  189  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  62.86 
 
 
202 aa  189  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1706  initiation factor 3  82.17 
 
 
128 aa  189  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0298503  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  60.42 
 
 
179 aa  189  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  64.49 
 
 
194 aa  188  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  64.49 
 
 
194 aa  188  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  67.36 
 
 
177 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  64.93 
 
 
137 aa  187  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  64.49 
 
 
194 aa  187  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  66.67 
 
 
146 aa  187  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  67.61 
 
 
152 aa  186  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116617  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  64.03 
 
 
181 aa  186  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  60.28 
 
 
174 aa  184  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  64.03 
 
 
190 aa  184  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>