39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2619 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  221  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  221  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  43.75 
 
 		 173 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  37.04 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  41.86 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  36.59 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  33.65 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  36.84 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 185 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.84 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  44.26 
 
 		 149 aa  52  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  36.51 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  26.47 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2265  hypothetical protein  38.75 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  26.47 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.99 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  38.16 
 
 		 230 aa  40.4  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  28.77 
 
 		 144 aa  40  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>