33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3181 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 149 aa  305  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  73.83 
 
 		 149 aa  228  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 129 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  58.57 
 
 		 120 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  51.81 
 
 		 129 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  52 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 106 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  47.14 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  42.47 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  46.03 
 
 		 230 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  44.23 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 185 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  32.86 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  31.52 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 117 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0422  transcriptional regulator  44 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  37.29 
 
 		 143 aa  40.8  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>