49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3337 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
130 aa  245  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
123 aa  244  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
123 aa  244  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  47.75 
 
 
116 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  47.75 
 
 
116 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  43.12 
 
 
179 aa  90.5  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  43.64 
 
 
173 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  45.63 
 
 
106 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  41.75 
 
 
120 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
130 aa  75.5  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  42 
 
 
129 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  40.95 
 
 
129 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 
214 aa  72.4  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  41 
 
 
129 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  50 
 
 
149 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  41.51 
 
 
149 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  45.57 
 
 
227 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.72 
 
 
149 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 
116 aa  62.4  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  33.63 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.23 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 
117 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  39.56 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  34.41 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  32.17 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
126 aa  53.5  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 
185 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2265  hypothetical protein  40.7 
 
 
147 aa  50.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 
137 aa  47.4  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  32.38 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  29.91 
 
 
113 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  38.3 
 
 
230 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
296 aa  42.7  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 
151 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
321 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
175 aa  42.7  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  35.29 
 
 
301 aa  42.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
130 aa  42.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2624  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
112 aa  42.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00551798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
231 aa  41.2  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
163 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
152 aa  40.4  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
359 aa  40.4  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
152 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 
137 aa  40  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>