43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3742 on replicon NC_008607
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 
116 aa  59.3  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  43.08 
 
 
239 aa  57.4  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  38.96 
 
 
173 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
137 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0962  DNA-binding protein  32.61 
 
 
179 aa  48.1  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0340549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
110 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
110 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  42.62 
 
 
227 aa  47  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
214 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
134 aa  45.4  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
126 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
130 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 
135 aa  44.7  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  39.34 
 
 
120 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2624  XRE family transcriptional regulator  26.13 
 
 
112 aa  44.7  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00551798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
156 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  27.45 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 
152 aa  43.9  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 
129 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  40.32 
 
 
129 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 
130 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
129 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
179 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  40.32 
 
 
209 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4531  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 
174 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 
152 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  38.98 
 
 
143 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
136 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 
185 aa  41.6  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
129 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 
145 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  28.79 
 
 
182 aa  41.2  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2433  hypothetical protein  28.75 
 
 
121 aa  41.2  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  35.82 
 
 
230 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 
146 aa  40.4  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  24.8 
 
 
137 aa  40.4  0.008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 
166 aa  40.4  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  35.09 
 
 
138 aa  40.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>