44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3025 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  100 
 
 		 120 aa  243  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  90 
 
 		 120 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  59.48 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  58.72 
 
 		 129 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  58.72 
 
 		 129 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 129 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  62.5 
 
 		 149 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  62.5 
 
 		 149 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 179 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 106 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 123 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 123 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  50.6 
 
 		 130 aa  77.8  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  41.75 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 116 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 116 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  47.73 
 
 		 173 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 116 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 214 aa  70.1  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  39.42 
 
 		 227 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  41.38 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  38.1 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  36.56 
 
 		 143 aa  57  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  39.76 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 156 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  35.14 
 
 		 240 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  35.14 
 
 		 240 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2265  hypothetical protein  34.95 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 		 152 aa  43.9  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1554  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  40.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 152 aa  40.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  31.88 
 
 		 245 aa  40  0.01  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>