More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3644 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3644  translation initiation factor IF-1  100 
 
 
72 aa  147  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.05996e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0782  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 
72 aa  131  4e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.98783e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2927  translation initiation factor IF-1  80.56 
 
 
72 aa  127  4e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.77018e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2375  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 
72 aa  126  9e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2690  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 
72 aa  126  9e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0890  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  126  1e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.52368e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1722  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  125  2e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.35268e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0238  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  122  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.197943  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2688  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  121  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00223234  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0134  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  121  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.06677e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0130  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2436  translation initiation factor 1  73.61 
 
 
72 aa  120  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0127  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.50239e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0127  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  4.31634e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0133  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  7.69266e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0128  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.87625e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0129  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.60601e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0133  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  2.19097e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0164  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  4.8346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0146  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.72927e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5172  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  6.23661e-11  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0133  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.19555e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0154  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  120  9e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  7.09815e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01400  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 
75 aa  119  1e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.18167e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1501  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  119  1e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2296  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  119  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1578  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
73 aa  119  1e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  1.64388e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2255  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  119  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0195898  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0445  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  119  2e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.25567  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1857  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  119  2e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0737608  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0309  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  118  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.776821  normal  0.33267 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1809  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 
72 aa  118  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23928  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0218  translation initiation factor 1 (bIF-1)  69.44 
 
 
85 aa  117  4e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1750  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 
72 aa  117  5e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000829048  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2309  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  117  5e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.04366e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19760  translation initiation factor 1  72.22 
 
 
72 aa  117  6e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00431201  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1837  translation initiation factor IF-1  75 
 
 
72 aa  116  1e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.18565e-13  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0729  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  116  1e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.28141e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2809  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  115  2e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  3.71749e-08  hitchhiker  4.19913e-09 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1160  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  115  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000283848  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0336  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  114  3e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3972  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  115  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0248  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
73 aa  114  4e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  3.41025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0976  translation initiation factor IF-1  67.61 
 
 
74 aa  112  1e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.844523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2146  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  113  1e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000135511  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1912  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 
72 aa  112  1e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  2.11647e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
75 aa  112  2e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2056  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  112  2e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2132  translation initiation factor 1  68.57 
 
 
73 aa  112  2e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0444568  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5148  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 
73 aa  112  2e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.594538 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01400  translation initiation factor 1  70.83 
 
 
72 aa  112  2e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0644583  normal  0.998737 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2160  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 
72 aa  112  2e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
75 aa  112  2e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0718  translation initiation factor 1  68.06 
 
 
87 aa  112  2e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1315  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
74 aa  111  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  2.70736e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1371  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
74 aa  111  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  2.57403e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1249  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  111  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  1.8307e-05  normal  0.0943393 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2622  translation initiation factor IF-1  69.86 
 
 
73 aa  111  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.378683  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1312  translation initiation factor IF-1  71.43 
 
 
74 aa  110  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.108243  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1762  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 
72 aa  110  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00307993  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0426  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  110  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.249384  normal  0.130241 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1461  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  110  5e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  5.27108e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0738  translation initiation factor IF-1  67.65 
 
 
73 aa  110  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0312  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 
83 aa  110  6e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.20042e-14  unclonable  9.19989e-29 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2379  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  110  7e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001894  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0329  translation initiation factor 1  70.42 
 
 
73 aa  110  7e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.208578  decreased coverage  0.000347298 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0711  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
74 aa  110  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  3.62397e-14  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0071  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  110  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.358943  hitchhiker  8.45588e-10 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2579  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
74 aa  110  9e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.243719  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2992  translation initiation factor IF-1  70 
 
 
74 aa  110  9e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1885  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 
72 aa  109  1e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  4.23872e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3317  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  109  1e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.795368  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1552  translation initiation factor IF-1  68.06 
 
 
72 aa  109  1e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0959  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 
73 aa  109  1e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3140  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  109  1e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.222249  normal  0.343136 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0609  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 
73 aa  109  1e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398848  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  109  1e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.47738e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0080  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 
72 aa  109  1e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  3.59666e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1163  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 
73 aa  108  2e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  2.96746e-08  normal  0.0905518 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4004  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 
73 aa  108  2e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  2.65509e-05  hitchhiker  1.4317e-05 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4295  translation initiation factor IF-1  67.14 
 
 
73 aa  108  2e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3117  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 
73 aa  108  2e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3002  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 
73 aa  108  2e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.275871  hitchhiker  0.00604316 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  108  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3880  translation initiation factor IF-1  68.57 
 
 
73 aa  108  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2373  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 
72 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  2.87842e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3296  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0074  translation initiation factor IF-1  65.28 
 
 
72 aa  108  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433818  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1412  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  108  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.59758e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1113  translation initiation factor IF-1  64.38 
 
 
73 aa  108  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.508115  normal  0.406339 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  107  4e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.28096e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1167  translation initiation factor IF-1  67.12 
 
 
73 aa  107  4e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  107  4e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.90707e-07  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0711  translation initiation factor IF-1  68.49 
 
 
73 aa  107  4e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.21583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  107  4e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1113  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 
72 aa  107  4e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  7.44837e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  107  4e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.2982e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4484  translation initiation factor IF-1  65.75 
 
 
73 aa  107  4e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  63.89 
 
 
72 aa  107  4e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.21348e-08  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>