More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0014 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  1.35045e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  7.57854e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  6.24159e-05  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  7.75633e-06  decreased coverage  9.68931e-05 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  95.89 
 
 
73 bp  121  2e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  95.89 
 
 
76 bp  121  2e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.4077e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  95.89 
 
 
76 bp  121  2e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  95.89 
 
 
76 bp  121  2e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.62811e-10  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  96.97 
 
 
76 bp  115  1e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  98.33 
 
 
76 bp  111  2e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.72603e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  95.45 
 
 
76 bp  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  91.78 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  7.75366e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  96.49 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.02759e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  91.78 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  4.9137e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  93.55 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  93.55 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  5.7248e-05 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  93.22 
 
 
76 bp  85.7  1e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.04 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  89.04 
 
 
73 bp  81.8  2e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  94.34 
 
 
72 bp  81.8  2e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  94.64 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.50586e-24 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  92.73 
 
 
73 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  92.73 
 
 
73 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  8.30353e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  92.73 
 
 
76 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  92.73 
 
 
73 bp  77.8  3e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  92.59 
 
 
73 bp  75.8  1e-12  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  3.99709e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  94 
 
 
75 bp  75.8  1e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.19714e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  91.23 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  97.5 
 
 
76 bp  71.9  2e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.46124e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  95.45 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  95.45 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  7.16294e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.02631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.47208e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  90.91 
 
 
78 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.72241e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.5693e-05  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  90.91 
 
 
78 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.15679e-07  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  4.09146e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  2.31874e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  7.77909e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.56895e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  90.91 
 
 
78 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  7.17541e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.01667e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0016  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00244932  hitchhiker  2.98756e-06 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  5.91942e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0016  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.669511  normal  0.713856 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0046  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.567197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  2.02791e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  69.9  8e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>