More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2323 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2323  murein-DD-endopeptidase  100 
 
 
353 aa  722  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.488834  normal  0.516334 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1722  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  78.51 
 
 
363 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103428  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2346  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  69.16 
 
 
346 aa  467  1e-130  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3107  murein-DD-endopeptidase  68.5 
 
 
371 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.790462  normal  0.308616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2375  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  77.58 
 
 
394 aa  458  1e-128  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.011571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1775  murein-DD-endopeptidase  82.2 
 
 
360 aa  453  1e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4861  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  73.18 
 
 
365 aa  453  1e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1947  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  81.82 
 
 
360 aa  453  1e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3625  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  78.49 
 
 
372 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2100  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  64.51 
 
 
344 aa  409  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.342455  normal  0.37717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2887  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  64.31 
 
 
323 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103148 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1204  murein-DD-endopeptidase  58.61 
 
 
393 aa  354  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000748376  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2608  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  56.08 
 
 
369 aa  335  7e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315726  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1498  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  56.08 
 
 
359 aa  335  8e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2741  peptidase  56.08 
 
 
394 aa  335  8e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1717  D-alanyl-D-alanine endopeptidase, putative  56.08 
 
 
394 aa  335  8e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2226  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  56.08 
 
 
359 aa  335  8e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3094  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  56.08 
 
 
363 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.130357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2663  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  56.08 
 
 
369 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1609  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  57.09 
 
 
379 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182293  normal  0.514738 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1937  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  56.85 
 
 
396 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0103051 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1868  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  55.41 
 
 
415 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.278882  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2587  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.73 
 
 
395 aa  327  2e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  hitchhiker  0.00138384 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1609  putative D-alanyl-D-alanine-endopeptidase (penicillin-binding protein)  56.06 
 
 
375 aa  322  4e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0138994  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1545  murein-DD-endopeptidase  55.05 
 
 
389 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00314169  normal  0.0179188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2043  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  55.02 
 
 
384 aa  314  2e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2170  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  55.02 
 
 
384 aa  314  2e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1137  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.77 
 
 
381 aa  312  4e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0291755  normal  0.94086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2150  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.46 
 
 
388 aa  312  6e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118676  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2133  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.46 
 
 
388 aa  312  6e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0581137  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5944  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.46 
 
 
388 aa  312  6e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.487197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1466  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  52.88 
 
 
387 aa  307  2e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00347318  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5439  murein-DD-endopeptidase  55.94 
 
 
388 aa  304  1e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101541  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1082  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.52 
 
 
338 aa  283  3e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209061  normal  0.323872 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0739  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.16 
 
 
342 aa  279  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0667  murein-DD-endopeptidase  46.24 
 
 
359 aa  276  5e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.56881e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2296  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  53.91 
 
 
278 aa  273  4e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0226  murein-DD-endopeptidase  53.47 
 
 
336 aa  268  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  7.65633e-10  normal  0.882233 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1964  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  50.57 
 
 
373 aa  264  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.646333  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0610  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  50 
 
 
350 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0703  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  50 
 
 
350 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2004  peptidase  50 
 
 
362 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.874632  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0083  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-like protein  50.78 
 
 
321 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.306187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0999  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.39 
 
 
321 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0828  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.99 
 
 
318 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0444108  normal  0.154729 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1095  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50.62 
 
 
388 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.296025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3292  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.99 
 
 
318 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3047  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.8 
 
 
322 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3195  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.99 
 
 
318 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.07926e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0992  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.39 
 
 
321 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0978  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.39 
 
 
321 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0957  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.39 
 
 
321 aa  245  8e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3386  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  49.39 
 
 
321 aa  245  9e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0368  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  47.45 
 
 
316 aa  244  1e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01220  penicillin-binding protein 7 precursor  50.2 
 
 
318 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2097  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  50.81 
 
 
296 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.582516  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0072  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  50.4 
 
 
303 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1976  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  50 
 
 
308 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2122  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  50 
 
 
308 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262762  hitchhiker  0.00124493 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3794  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  50 
 
 
308 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.106127 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1352  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.57 
 
 
311 aa  235  1e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240224  hitchhiker  0.00135973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2414  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.79 
 
 
313 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0205192  normal  0.811113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2885  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.16 
 
 
323 aa  232  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2806  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.16 
 
 
311 aa  233  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0066  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  46.56 
 
 
300 aa  232  7e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2681  penicillin-binding protein 7  48.39 
 
 
311 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.556656  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53020  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  48.18 
 
 
310 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1095  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  46.15 
 
 
298 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.499523  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4648  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  47.37 
 
 
310 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1352  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  46.56 
 
 
309 aa  225  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3700  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  47.54 
 
 
312 aa  225  9e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1274  murein-DD-endopeptidase  45 
 
 
452 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3021  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1124  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.774703  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1118  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790201  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0978  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3045  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1548  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
378 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.20534  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0908  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  45 
 
 
383 aa  219  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2922  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  45.68 
 
 
315 aa  219  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2406  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  46.5 
 
 
315 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.855048  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1540  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  45.27 
 
 
315 aa  216  3e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0851  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  46.18 
 
 
302 aa  217  3e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.750207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2501  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  45.68 
 
 
319 aa  216  6e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2734  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  42.15 
 
 
315 aa  213  5e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0838  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.89 
 
 
313 aa  212  8e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02022  hypothetical protein  41.29 
 
 
310 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2561  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  45.38 
 
 
320 aa  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3260  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00935294 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1523  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1513  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0910  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.824337  normal  0.342454 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02064  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
310 aa  212  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2424  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2269  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.29 
 
 
313 aa  212  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1156  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  45.76 
 
 
282 aa  210  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203419  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2357  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.67 
 
 
315 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2313  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.67 
 
 
315 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.805728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2402  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.67 
 
 
302 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2514  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  41.67 
 
 
302 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>