197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0025 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0037  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507669  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  90 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0057  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000872679  normal  0.444657 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112966  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3446  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000122389  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0072  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000050044  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0103  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0061  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0072  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000217176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  95 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  84 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  85.33 
 
 		 83 bp  54  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5663  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000889486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.3138200000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5671  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000115086  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0276  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5045  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000280343  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>