266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4095 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4095  hypothetical protein  100 
 
 
212 aa  438  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3844  hypothetical protein  81.13 
 
 
212 aa  363  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.621065  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  73.58 
 
 
211 aa  332  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  73.58 
 
 
212 aa  330  7.000000000000001e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1045  hypothetical protein  73.11 
 
 
211 aa  327  8e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0321486  normal  0.408994 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1081  hypothetical protein  78.3 
 
 
222 aa  314  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.587808 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0526  hypothetical protein  68.87 
 
 
211 aa  297  8e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313091  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2619  hypothetical protein  65.09 
 
 
210 aa  281  6.000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.350576  normal  0.864443 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1449  hypothetical protein  65.73 
 
 
212 aa  280  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1329  hypothetical protein  64.79 
 
 
212 aa  279  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1082  hypothetical protein  66.82 
 
 
210 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0796738  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1382  hypothetical protein  65.57 
 
 
210 aa  277  7e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.41745  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  63.85 
 
 
212 aa  276  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  64.45 
 
 
210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3243  hypothetical protein  64.06 
 
 
210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.474711  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  64.45 
 
 
210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  63.51 
 
 
210 aa  272  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  64.45 
 
 
210 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  64.45 
 
 
210 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1354  hypothetical protein  63.38 
 
 
210 aa  271  5.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.129459 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0138  hypothetical protein  63.98 
 
 
210 aa  270  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620978  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1198  hypothetical protein  63.21 
 
 
210 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.792067  normal  0.949639 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  63.03 
 
 
210 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  61.79 
 
 
211 aa  269  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  61.32 
 
 
211 aa  268  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  63.51 
 
 
210 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  63.51 
 
 
210 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  63.51 
 
 
210 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0153  hypothetical protein  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0357  GntS  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2364  hypothetical protein  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2285  hypothetical protein  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0162  organic radical activating protein  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495618  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2794  hypothetical protein  63.98 
 
 
210 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3149  hypothetical protein  61.24 
 
 
210 aa  266  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.105264  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  62.56 
 
 
210 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0172  hypothetical protein  63.51 
 
 
210 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2757  organic radical activating-like protein  63.03 
 
 
211 aa  265  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3190  hypothetical protein  64.45 
 
 
211 aa  262  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.241224  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1221  hypothetical protein  62.74 
 
 
212 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.688566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1382  hypothetical protein  62.74 
 
 
212 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.980113  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1300  hypothetical protein  62.26 
 
 
210 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3395  hypothetical protein  62.56 
 
 
211 aa  259  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.709482  normal  0.257118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2177  radical SAM domain-containing protein  60.77 
 
 
211 aa  258  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3380  hypothetical protein  61.68 
 
 
212 aa  256  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.186456 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  58.29 
 
 
211 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2382  hypothetical protein  64.15 
 
 
210 aa  255  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133119  hitchhiker  0.000954776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6747  radical SAM domain-containing protein  63.51 
 
 
210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.922703  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2298  hypothetical protein  61.32 
 
 
210 aa  252  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.959397  normal  0.58951 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1418  radical SAM domain-containing protein  56.02 
 
 
217 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2645  hypothetical protein  59.43 
 
 
210 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0017  radical SAM domain-containing protein  61.14 
 
 
209 aa  251  6e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.015175  normal  0.941948 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0922  hypothetical protein  62.26 
 
 
210 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0718  radical SAM domain-containing protein  59.52 
 
 
209 aa  248  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.525319  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0794  hypothetical protein  54.59 
 
 
218 aa  248  7e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1410  radical SAM domain protein  61.24 
 
 
211 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.562176 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1161  Radical SAM domain protein  62.56 
 
 
210 aa  241  5e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228018  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1403  organic radical activating-like protein  60.19 
 
 
210 aa  237  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.962415  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4381  hypothetical protein  54.85 
 
 
237 aa  236  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2039  hypothetical protein  55.61 
 
 
215 aa  231  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2104  hypothetical protein  49.07 
 
 
216 aa  224  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00607165 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0107  organic radical activating enzyme  56.05 
 
 
218 aa  221  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6594  radical SAM domain-containing protein  63.03 
 
 
210 aa  221  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.721327  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0539  Radical SAM domain protein  54.82 
 
 
198 aa  219  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.559214  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1115  radical SAM domain-containing protein  54.98 
 
 
209 aa  206  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0597  hypothetical protein  53.24 
 
 
216 aa  204  7e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1124  radical SAM domain protein  51.56 
 
 
224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  42.26 
 
 
233 aa  138  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  40.26 
 
 
211 aa  106  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  33.18 
 
 
197 aa  99  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
195 aa  98.6  6e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  34.27 
 
 
209 aa  92.8  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  33.18 
 
 
206 aa  91.3  9e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2348  radical SAM domain-containing protein  32.35 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1855  radical activating enzyme  31.51 
 
 
222 aa  90.5  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.328449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  32.75 
 
 
222 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  31.75 
 
 
193 aa  89.4  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  34.25 
 
 
205 aa  87.8  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  30.84 
 
 
222 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  30.84 
 
 
222 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2268  radical activating enzyme  30.84 
 
 
222 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00320351  normal  0.189151 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  41.35 
 
 
274 aa  85.9  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2116  radical activating enzyme  30.47 
 
 
222 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.054229  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  41.35 
 
 
280 aa  85.5  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2162  radical activating enzyme  30.84 
 
 
222 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.221208  normal  0.837279 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1917  radical activating enzyme  30.9 
 
 
222 aa  85.1  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2501  radical activating enzyme  31.51 
 
 
222 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0978  hypothetical protein  31.93 
 
 
245 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1100  radical SAM domain-containing protein  31.8 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256897  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2058  radical activating enzyme  30.47 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00725057  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  33.93 
 
 
204 aa  82.4  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2163  radical activating enzyme  30.9 
 
 
222 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224373  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7690  hypothetical protein  32.77 
 
 
235 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273315  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  28.83 
 
 
210 aa  81.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  30.94 
 
 
216 aa  81.6  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  33.53 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  29.58 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1825  radical activating enzyme  29.66 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.40401  normal  0.903036 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>