13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3758 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3758  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 114 aa  227  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3079  AzlD branched-chain amino acid transport  49.51 
 
 		 110 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.900349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  44.25 
 
 		 113 aa  97.1  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0430  branched-chain amino acid transport  47.17 
 
 		 110 aa  97.1  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000591514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2458  branched-chain amino acid transport  41.28 
 
 		 110 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.478648  normal  0.376832 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6126  putative transmembrane protein  44.12 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.603631  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2394  branched-chain amino acid transport  44.12 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  36.36 
 
 		 109 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  33.01 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  27.87 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  35.42 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  33 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>